使用 methylumIDAT 时出错，readBin 的 n 参数无效

Question

我正在尝试使用 bioconductor methylumi 包加载 IDAT，其中的脚本适用于以前的文件，但是当我使用 methylumIDAT 时遇到以下不熟悉的错误

>mset450k <- methylumIDAT(sampleSheet$Basename, idatPath=idatPath)
0 HumanMethylation27 samples found
48 HumanMethylation450 samples found
Error in readBin(con, what = "integer", n = n, size = 4, endian = "little",  : 
   invalid 'n' argument

我不确定这是指哪个 n，以及如何解决它。在这种情况下，搜索有关 readBin 参数的信息并没有帮助我理解它。

我能在这里找到的最接近的问题是这个关于音频文件的问题，问题似乎是文件大小：

我没有使用比以前更大的数据集 - 事实上，当我运行脚本具有不同的 idats 文件夹（相同数量的文件）和不同的样本时 sheet （相同格式）它工作正常，所以我不认为文件大小是这里的问题。

下面是完整的脚本

> idatPath<-c("idats2")
> sampleSheet<-read.csv("CrestarSampleSheet2.csv", stringsAsFactors = FALSE)
> sampleSheet<-cbind(paste(sampleSheet$CHIP.ID, sampleSheet$CHIP.Location, 
                     sep = "_"), sampleSheet) 
> colnames(sampleSheet)[1]<-"Basename"
> mset450k <- methylumIDAT(sampleSheet$Basename, idatPath=idatPath)

Answer 1

我已经解决了这个问题。问题是我的文件夹中的一个 idat 文件在加载之前没有完全下载（我的电脑在下载过程中崩溃了）。

我通过加载具有单个文件名的文件（大批量，然后逐渐小批量）来找出它是哪一个，例如

mset450k <- methylumIDAT(c("200397870043_R01C02", "200397870043_R02C02",      
                           "200397870043_R03C02", "200397870043_R03C01")
                            ,idatPath=idatPath)

使用 methylumIDAT 时出错，readBin 的 n 参数无效

error using methylumIDAT, invalid n argument for readBin

r

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