Mac 10.10.6 无头异常上的 NetLogo 5.3.1 和 R 3.3.1

Question

我正在尝试运行 R 3.3.1 上的 NetLogo 5.3.1 到 mac 10.10.6 上的 rStudio 0.99.903。我还安装了 Java 1.8.0_77-b03

> system("java -version")
java version "1.8.0_77"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_77-b03)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.77-b03, mixed mode)
> .jinit()
> .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
[1] "1.8.0_77-b03"
> 
> Sys.getenv('JAVA_HOME')
[1] ""
> Sys.getenv('LD_LIBRARY_PATH')
[1] ":@JAVA_LD@"

我也在运行宁 RNetLogo_1.0-2 和 rJava_0.9-9。

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)

locale:
[1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] RNetLogo_1.0-2 igraph_1.0.1   rJava_0.9-9   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] magrittr_1.5  rsconnect_0.5 tools_3.3.1

当我尝试使用 lunch netlogo 时出现如下错误。

> nl.path <- ("/Applications/NetLogo 5.3.1/Java")
> ### Start NetLogo
> NLStart(nl.path)
java.awt.HeadlessException
    at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
    at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
    at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
    at javax.swing.SwingUtilities$SharedOwnerFrame.<init>(SwingUtilities.java:1758)
    at javax.swing.SwingUtilities.getSharedOwnerFrame(SwingUtilities.java:1833)
    at javax.swing.JOptionPane.getRootFrame(JOptionPane.java:1696)
    at javax.swing.JOptionPane.showOptionDialog(JOptionPane.java:863)
    at javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(JOptionPane.java:666)
    at javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(JOptionPane.java:637)
    at nlcon.NLink.<init>(NLink.java:109)

我尝试了在 StackExchange 或其他地方找到的几种解决方案。

http://conjugateprior.org/2014/12/r-java8-osx/
http://charlotte-ngs.github.io/2016/01/MacOsXrJavaProblem.html
https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X

None 他们在我的电脑上工作过......

有谁知道我应该怎么做才能完成这项工作？

谢谢！

PS1/ 我从 mac shell.

运行ning R 得到了完全相同的结果

PS2/ 我已经安装了 java 1.6 并在测试问题后发现没有任何改变我删除了它。

Answer 1

正如有人评论的那样（我真的不知道他们为什么没有 post 答案）问题的关键是我使用了错误的包来启动 NetLogo。

首先必须确保 R 具有正确的 Java 主设置。所以运行这个在 mac shell 上。

R CMD javareconf

然后，在 R shell / console 上，我们必须以源代码方式安装 rJava，以便使用我们的 Java 位置和版本进行编译。

install.packages("rJava", type="source", repos="http://cran.us.r-project.org”)

然后我们要安装JGR

install.packages("JGR")

和运行并打开 JGR 控制台。

require(JGR)    
### Start JGR 
JGR()

从那里开始...我们运行 JGR 控制台上的其余脚本/命令。

### call netlogo. Set the path where NetLogo is installed
nl.path <- ("/Applications/NetLogo 5.3.1/") # Mac path

### Start NetLogo 
    # The /Java directory is where the NetLogo java app lives. Don't set 
    # completely before to make the models path work     
NLStart(file.path(nl.path, "Java"))

应该可以。

PS/ 如您所见here，NetLogo 不支持此函数 mac 和 linux

Mac 10.10.6 无头异常上的 NetLogo 5.3.1 和 R 3.3.1

NetLogo 5.3.1 and R 3.3.1 on Mac 10.10.6 headless exception

macos

r

netlogo

rjava