使用 dplyr 计算每个组的质心

Question

对于 temp3 中的每个簇，计算其质心。我最终不想在它的质心坐标上绘制簇号。

数据：

> head(temp3)
                             X         Y Transcripts Genes Timepoint Run Cluster
6B_0_GACCGCGATATT -102.1425877 13.944831      134028 11269     Day 0  6B       2
6B_0_ATTGCGGAGACA  -38.6617527  0.600154      106849 10947     Day 0  6B       3
6B_0_ATGGTCACCACT  -23.3275424 34.178312      105817 10495     Day 0  6B       4
6B_0_ATATTGCTAATC   -0.6069128 52.449397       79920  9650     Day 0  6B       4
6B_0_ATCTAATCTACC   -0.4738788 54.756711       72912  9294     Day 0  6B       4
6B_0_CGCAGTGTGCCC  108.5333675 76.637930       70132  9291     Day 0  6B       6

代码：

library(dplyr)
temp3 %>% group_by(Cluster) %>% mutate(., Centroid=rowMeans(cbind(.$X, .$Y), na.rm = TRUE))

哪个returns：

Error: incompatible size (13792), expecting 198 (the group size) or 1

编辑：

另一种方法：

library(cluster)
temp3 %>% group_by(Cluster) %>% mutate(., Centroid=pam(cbind(.$X, .$Y), 1)$medoids)

returns:

Error: incompatible size (2), expecting 198 (the group size) or 1

Answer 1

怎么样

temp3 %>% group_by(Cluster) %>% mutate(meanX=mean(X), meanY=mean(Y))

如果您想要一个与输入具有相同维度的结果。

或者，如果您只希望每个群集一行（这似乎更有可能）：

temp3 %>% group_by(Cluster) %>% summarise(meanX=mean(X), meanY=mean(Y))

使用 dplyr 计算每个组的质心

Compute centroid for each group using dplyr

r

centroid

dplyr