blast 无法创建单位计数容器

Question

我建立了一个 blast 本地数据库。但是，当我运行 blastn 命令时，我得到了这个错误信息：

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 170: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::DiscoverStatType() - could not open

T0 "/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix/../../src/algo/winmask/seq_masker_istat_factory.cpp", line 271: Error: ncbi::CSeqMaskerIstatFactory::create() - could not create a unit counts container

我正在使用此命令创建 blast 本地数据库：

makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl

这是我执行 blastn 的命令：

blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt

任何帮助将不胜感激..谢谢

Answer 1

看来您需要先创建 WindowMasker 文件：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/

具体来说，链接内容提到了第 1 步：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1

Answer 2

如果 windowmasker 不是绝对要求，请考虑 RepeatMasker

有多个安装步骤，但都非常简单。我发现他们的文档比 windowmasker 文档更好，而且他们声称屏蔽覆盖率更好。

（我的经验特别针对免费 HMMER/Dfam 选项。）

（我附和 Vince 关于创建屏蔽数据库的要求的评论...您是否尝试过运行没有 windowmasker 选项的相同 blastn？）

blast 无法创建单位计数容器

blast could not create a unit counts container

c++

linux

bioinformatics

blast