post-具有随机效应的单向方差分析的随机检验

Question

我有一个连续响应变量 yld 和一个分类预测变量 check（具有 3 个级别）。我进行了单向方差分析和 post-hoc 测试，以查看哪些级别彼此不同。

mdl<-aov(sqrt(var$yld) ~ var$check); summary(mdl);TukeyHSD(mdl) 

               Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)    
var$check      2   5162  2581.2   13.51 1.46e-06 ***
Residuals   2775 530395   191.1                     

Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = sqrt(var$yld) ~ var$check)

$`var$check`

         diff       lwr       upr     p adj
 NC-LC -3.0123196 -4.529649 -1.494991 0.0000101
 RC-LC -2.8330205 -4.348031 -1.318010 0.0000358
 RC-NC  0.1792991 -1.310563  1.669161 0.9570495

现在，这个数据是通过多个站点收集的，所以我想使用 site.code 作为我的随机效果。

library(lme4)
mdl1<-lmer(sqrt(yld) ~ check + (1 | site.code),data=var)
summary(mdl1)

这给了我不同的输出，但最重要的是：

Fixed effects:
        Estimate Std. Error t value
(Intercept)  50.7267     1.3028   38.94
checkNC      -2.7075     0.5449   -4.97
checkRC      -2.5048     0.5441   -4.60

它将LC级别作为intercept并检查NC和RC与intercept有何不同。我有两个问题：

1）为什么mdl1的输出这里没有显示p-value 2) 此输出将 NC 和 RC 与截距进行比较。是否有任何 post-hoc 可以对所有级别进行成对比较？

谢谢

Answer 1

这是解决方案

install.packages("multcomp");library(multcomp)
summary(glht(mdl1, linfct=mcp(check="Tukey")))

post-具有随机效应的单向方差分析的随机检验

post-hoc test for one-way ANOVA with random effect

r

linear-regression

anova

lme4