sh: 1: Syntax error: redirection unexpected Python/Bash

Question

我的 python cmd 脚本有问题。我不知道为什么它不起作用。也许我的代码有问题。我正在尝试通过我的 python 脚本运行 cmdline 中的程序。

我在 bash "sh: 1: Syntax error: redirection unexpected"

中遇到错误

请帮助我只是生物学家:)

我正在使用 spyder (anaconda)/Ubuntu

#!/usr/bin/python

import sys
import os

input_ = sys.argv[1]
output_file = open(sys.argv[2],'a+')    
names = input_.rsplit('.')

for name in names:
    os.system("esearch -db pubmed -query %s  | efetch -format xml | xtract -pattern PubmedArticle  -element AbstractText >> %s" % (name, output_file))
    print("------------------------------------------")

Answer 1

output_file 是一个文件对象。当您执行 "%s" % output_file 时，生成的字符串类似于 "<open file 'filename', mode 'a+' at 0x7f1234567890>"。这意味着 os.system 调用是运行类似

的命令

command... >> <open file 'filename', mode 'a+' at 0x7f1234567890>

>> 之后的 < 导致 "Syntax error: redirection unexpected" 错误消息。

要解决这个问题，请不要在 Python 脚本中打开输出文件，只需使用文件名：

output_file = sys.argv[2]

Answer 2

我在下一行遇到了类似的错误：

os.system('logger Status changed on %s' %s repr(datetime.now())

确实，正如 nomadictype 所述，问题出在运行普通 OS 命令中。该命令可能包含特殊字符。就我而言，这是 <.

因此，我没有显着更改 OS 命令，而是添加了引号，这有效：

os.system('logger "Status changed on %s"' %s repr(datetime.now())

引号使传递参数的内容对 shell 不可见。

sh: 1: Syntax error: redirection unexpected Python/Bash

sh: 1: Syntax error: redirection unexpected Python/Bash

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