使用 ggplot2 绘制多层
Plot multiple layers with ggplot2
我正在尝试使用 ggplot2 "geom_raster" 函数将两个 data.frame 绘制为两层。顶层包含设置为 "transparent" 的 NA 值，以使底层可见。由于 scale_fill_xxx 函数不能使用两次，我尝试了以下代码（基于此 post : ggplot2 - using two different color scales for overlayed plots）：
library(ggplot2)
df1 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(NA,4,9,NA,2,7,NA,NA,3))
df2 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(1,NA,NA,2,NA,NA,1,2,NA))
ggplot() +
geom_raster(data=df1, aes(y= y, x= x, fill= data)) +
scale_fill_gradientn(name="df1", colours=c("red", "blue"), na.value = "transparent") +
geom_raster(data= df2, aes(y= y, x= x, colour= as.factor(data))) +
scale_colour_manual(values = c("green", "black"), name= "df2", labels= c("Class 1", "Class 2"), na.value="transparent")
问题是 "colour" / "scale_colour_manual" 解决方案并不 return 我所期望的（它 return 是一个深灰色图）。我希望 df1 "data" 列以红色到蓝色的比例表示（NA 应该是透明的）并且 df2 "data" 列根据 class 数字（“1” =绿色和“2”=黑色）。
任何人都可以帮助我了解我的程序有什么问题吗？
这是一个解决方案：
df3 = merge(df1, df2, by = c("x","y"))
names(df3)[names(df3) == "data.x"] <- "data.1"
names(df3)[names(df3) == "data.y"] <- "data.2"
df3$data = df3$data.1
df3$data[is.na(df3$data)] = df3$data.2[is.na(df3$data)]
myGrad <- colorRampPalette(c('blue','red')) # color gradient
min_value = min(df3$data[df3$data >2]) # minimum value except 1 and 2
max_value = max(df3$data) # maximum value
param = max_value - min_value + 1 # number of colors in the gradient
ggplot(df3, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() +
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)),
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")
我猜你会使用这个具有更高值和范围的图，我尝试使用 5x5 矩阵：
set.seed(123)
df4 = data.frame(x=rep(c(1,2,3,4,5),5), y=c(rep(1,5), rep(2,5), rep(3,5), rep(4,5), rep(5,5)),
data = sample(c(1:20), 25, prob = c(0.2,0.2,rep(0.6/18,18)), replace = T))
min_value = min(df4$data[df4$data >2])
max_value = max(df4$data)
param = max_value - min_value + 1
ggplot(df4, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() +
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)),
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")
我正在尝试使用 ggplot2 "geom_raster" 函数将两个 data.frame 绘制为两层。顶层包含设置为 "transparent" 的 NA 值，以使底层可见。由于 scale_fill_xxx 函数不能使用两次，我尝试了以下代码（基于此 post : ggplot2 - using two different color scales for overlayed plots）：
library(ggplot2)
df1 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(NA,4,9,NA,2,7,NA,NA,3))
df2 <- data.frame(x=rep(c(1,2,3),times=3), y=c(1,1,1,2,2,2,3,3,3), data= c(1,NA,NA,2,NA,NA,1,2,NA))
ggplot() +
geom_raster(data=df1, aes(y= y, x= x, fill= data)) +
scale_fill_gradientn(name="df1", colours=c("red", "blue"), na.value = "transparent") +
geom_raster(data= df2, aes(y= y, x= x, colour= as.factor(data))) +
scale_colour_manual(values = c("green", "black"), name= "df2", labels= c("Class 1", "Class 2"), na.value="transparent")
问题是 "colour" / "scale_colour_manual" 解决方案并不 return 我所期望的（它 return 是一个深灰色图）。我希望 df1 "data" 列以红色到蓝色的比例表示（NA 应该是透明的）并且 df2 "data" 列根据 class 数字（“1” =绿色和“2”=黑色）。
任何人都可以帮助我了解我的程序有什么问题吗？
这是一个解决方案：
df3 = merge(df1, df2, by = c("x","y"))
names(df3)[names(df3) == "data.x"] <- "data.1"
names(df3)[names(df3) == "data.y"] <- "data.2"
df3$data = df3$data.1
df3$data[is.na(df3$data)] = df3$data.2[is.na(df3$data)]
myGrad <- colorRampPalette(c('blue','red')) # color gradient
min_value = min(df3$data[df3$data >2]) # minimum value except 1 and 2
max_value = max(df3$data) # maximum value
param = max_value - min_value + 1 # number of colors in the gradient
ggplot(df3, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() +
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)),
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")
我猜你会使用这个具有更高值和范围的图，我尝试使用 5x5 矩阵：
set.seed(123)
df4 = data.frame(x=rep(c(1,2,3,4,5),5), y=c(rep(1,5), rep(2,5), rep(3,5), rep(4,5), rep(5,5)),
data = sample(c(1:20), 25, prob = c(0.2,0.2,rep(0.6/18,18)), replace = T))
min_value = min(df4$data[df4$data >2])
max_value = max(df4$data)
param = max_value - min_value + 1
ggplot(df4, aes(x, y, fill = data)) + geom_raster() +
scale_fill_gradientn(colours=c("green","black", myGrad(param)),
values = rescale(c(1, 2, seq(min_value, max_value, 1))), na.value = "transparent")