基于R中相关性的热图树状图

Question

我在 R 中有一个看起来像这样的热图：

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")
heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column")

但后来我做了一个单独的基于相关性的聚类分析，结果是这样的：

library(Hmisc)
plot(varclus(qq,similarity="spearman"))

如何修改我的热图，使聚类与我使用相关性进行的聚类分析相同？我需要以某种方式修改 heatmap.2 函数（或者可能使用不同的函数）以基于 pearson 相关性。有什么想法吗？

Answer 1

尝试

col<- colorRampPalette(c("red","white", "blue"))(10)
library("gplots")

library(Hmisc)
v <- varclus(qq,similarity="spearman")

devtools::install_github('talgalili/dendextend')
library(dendextend)

dend <- as.dendrogram(v) # comes from dendextend. The same as as.dendrogram(v$hclust)

heatmap.2(qq,scale="none",col=col,trace="none",density.info="none",dendrogram="column", Colv = dend)

(由于qq不存在，无法复制图片)

基于R中相关性的热图树状图

Heatmap dendrogram based on correlation in R

r

cluster-analysis

dendrogram