如何使用 igraph 创建顶点权重在 python 中的图？

Question

我搜索了一下，发现有很多关于如何创建具有边权重的图的示例，但其中 none 显示了如何创建具有顶点权重的图。我开始怀疑这是否可能。

如果可以用igraph创建顶点加权图，那么是否可以用igraph计算加权独立性或其他加权数？

Answer 1

您想使用 vs class 在 igraph 中定义顶点及其属性。

作为设置顶点权重的示例，摘自文档：

http://igraph.org/python/doc/igraph.VertexSeq-class.html

g=Graph.Full(3) # generate a full graph as example

for idx, v in enumerate(g.vs):
    v["weight"] = idx*(idx+1) # set the 'weight' of vertex to integer, in function of a progressive index

>>> g.vs["weight"]
[0, 2, 6]

请注意，顶点序列是通过 g.vs 调用的，这里 g 是您的 Graph 对象的实例。

我向您推荐了这个页面，我发现在这里寻找 iGraph 方法很实用： http://igraph.org/python/doc/identifier-index.html

Answer 2

据我所知，igraph 中没有接受加权顶点参数的函数。然而，作为 R 的 Bioconductor 套件的一部分的 SANTA 包确实有加权顶点的例程，如果你愿意为此转移到 R。（好像也许你可以运行 bioconductor in python。）

另一个 hacky 选项是使用（如果可能）来自 igraph 的未加权例程，然后返回权重。例如。像这样的加权最大独立集：

def maxset(graph,weight):
    ms = g.maximal_independent_vertex_sets()
    w = []
    t = []
    for i in range(0, 150):
        m = weights.loc[weights['ids'].isin(ms[i]),"weights"]
        w.append(m)
        s = sum(w[i])
        t.append(s) 
    return(ms[t.index(max(t))])
maxset(g,weights)

（其中权重是一个两列数据框，其中第 1 列 = 顶点 ID，第 2 列 = 权重）。这得到了考虑顶点权重的最大独立集。

如何使用 igraph 创建顶点权重在 python 中的图？

How to create a graph with vertices weight in python with igraph?

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