更改 gbm 部分图上的 x 和 y 标签

Question

我在更改 gbm 模型的部分图上的 x 和 y 标签时遇到问题。我需要为期刊文章重命名它们。

我读了这个并按如下方式创建情节：

library(gbm)
final<- readRDS(final_gbm_model)
summary(final, n.trees=final$n.trees)

这是摘要输出：

                                                        var   rel.inf
ProbMn50ppb                                       ProbMn50ppb 11.042750
ProbDOpt5ppm                                     ProbDOpt5ppm  7.585275
Ngw_1975                                             Ngw_1975  6.314080
PrecipMinusETin_1971_2000_GWRP PrecipMinusETin_1971_2000_GWRP  4.988598
N_total                                               N_total  4.776950
DTW60YrJurgens                                 DTW60YrJurgens  4.415016
CVHM_TextZone                                   CVHM_TextZone  4.225048
RiverDist_NEAR                                 RiverDist_NEAR  4.165035
LateralPosition                               LateralPosition  4.036406
CAML1990_natural_water                 CAML1990_natural_water  3.720303
PctCoarseMFUpActLayer                   PctCoarseMFUpActLayer  3.668184
BioClim_BIO12                                   BioClim_BIO12  3.561071
MFDTWSpr2000Faunt                           MFDTWSpr2000Faunt  3.383900
PBot_krig                                           PBot_krig  3.362289
WaterUse2                                           WaterUse2  3.291040
AVG_CLAY                                             AVG_CLAY  3.280454
Age_yrs                                               Age_yrs  3.144734
MFVelSept2000                                   MFVelSept2000  3.064030
AVG_SILT                                             AVG_SILT  2.882709
ScreenLength                                     ScreenLength  2.683542
HydGrp_C                                             HydGrp_C  2.666106
AVG_POR                                               AVG_POR  2.563147
MFVelFeb2000                                     MFVelFeb2000  2.505106
HiWatTabDepMin                                 HiWatTabDepMin  2.421521
RechargeAnnualmmWolock                 RechargeAnnualmmWolock  2.252706

我可以创建一个部分依赖图如下：

plot(final,"ProbMn50ppb",n.trees=final$n.trees)

但是，如果我尝试设置标签参数，则会出现以下错误：

 plot(final,"ProbMn50ppb",n.trees=final$n.trees,ylab="LNNO3")

Error in plot.default(X$X1, X$y, type = "l", xlab = x$var.names[i.var],  : 
  formal argument "ylab" matched by multiple actual arguments

如何更改 y 轴和 x 轴标签？

Answer 1

plot.gbm 函数将自己的名称传递给通用绘图函数，因此两者发生冲突。因此，您将无法在该模式下按照您想要的方式自定义情节。但是当你设置 return.grid=TRUE 时，作者确实提供了一个替代方案。它不会构建绘图，而是会输出数据本身。然后，您可以将其用于任何绘图，包括 ggplot2。

plotdata <- plot(gbm1, return.grid=TRUE)
plot(plotdata, type="l", ylab="ylab", xlab="xlab")

来自帮助的示例数据(gbm)

Answer 2

您还可以在绘图之前（或在函数中）更改 gbm 对象本身：

your_gbm_obj$var.names[index] = "axis label"

更改 gbm 部分图上的 x 和 y 标签

Change x and y labels on a gbm partial plot

r

plot

gbm