如何使用 rpy2 从 python 获取 n-dim 数组

Question

我想使用 python 进行一些计算，并将数组数据放入 r 以获得一些绘图。

对于 1-dim 数组，我可以使用 FloatVector 得到正确答案，但 n-dim 数组错误

(运行以下代码)

（二维数组）
import numpy as np from rpy2.robjects.vectors import FloatVector x = np.array([[1, 2], [3, 4]]) X = FloatVector(x)

错误信息：

`Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
 File "D:\Program\Anaconda3\lib\site-packages\rpy2\robjects\vectors.py",   line 456, in __init__
 obj = FloatSexpVector(obj)
 ValueError: Error while trying to convert element 0 to a double.`

使用 numpy2ri 可能会在某些绘图顺序（如 ggplot2）中出错

我想在 spyder 中完成这些。

Answer 1

转换机制可以是你的朋友：

from rpy2.robjects.conversion import localconverter
from rpy2.robjects import numpy2ri

with localconverter(numpy2ri.converter) as cv:
    X = cv.py2ro(x) # convert from *py*thon to *ro*bjects

否则，这是因为 rpy2 正在尝试迭代序列 x （没有与 numpy 交互的默认行为请求）并通过迭代使每个元素成为一个 R/rpy2 对象。在这里它不起作用，因为 x[i] 变成了 FloatVector 并且你不能有 FloatVector 的 FloatVector 元素（虽然你可以有一个 FloatVector 列表）。明确地说，这就是正在发生的事情（你会触发同样的错误）：

FloatVector([FloatVector(y) for y in x])

如何使用 rpy2 从 python 获取 n-dim 数组

how to use rpy2 to get n-dim array from python

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