openCPU 和 rstan - 无法打开连接

Question

我正在使用 openCPU 创建一个 API 来估计 rstan 中非常基本的模型。

我已经验证我的函数在从普通 R 控制台会话调用时在我的环境中工作，而不是从 openCPU 调用。

但是通过openCPU调用时，响应如下：

cannot open the connection

In call:
file(con, "r")

通过在 rstan 的源代码中插入检查点，我将其追溯到 R/cxxfunplus.R (link to line on github here):

中的一个调用

dso <- new('cxxdso', sig = sig, dso_saved = save_dso, 
             dso_filename = dso_filename, 
             modulename = module_name, 
             system = R.version$system, 
             cxxflags = get_makefile_flags("CXXFLAGS"), 
             .CXXDSOMISC = new.env(parent = emptyenv()))

此调用中的什么尝试读取可能失败的连接？

Answer 1

想通了 - 当运行在 openCPU 下时，rstan::get_makefile_txt 正在寻找的两个 makefile 之一不存在。该文件是 /usr/share/R/share/make.

幸运的是，第一个 makefile 确实存在并且足够了，因此可以通过跳过第二个 makefile 并只读取第一个来纠正这个问题。

在rstan::get_makefile_text的最后一行之前，我插入了以下内容：

makefiles <- makefiles[file.exists(makefiles)]

openCPU 和 rstan - 无法打开连接

openCPU and rstan - cannot open the connection

r

opencpu

stan

rstan