使用 for 循环或 sapply 创建 ROC 曲线

Question

经过大量搜索后，我找不到问题的答案。我想使用 for 循环或 sapply 使用 pROC pakkage 生成 ROC 曲线。

我的数据库看起来像这样（只有 26 列和 74 行）：

PT Bpt PA mnT1G mnT01
1   1  1   2.3   4.5
1   2  0   1.2   3.2 
2   1  1   5.4   2.1

我可以做ROC曲线'manually':

plot.new()
roc1 <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, 
            partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red')
roc2 <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mT01, plot=TRUE, add=TRUE, percent=roc1$percent, col = 'blue')

对于 'automatic' 我试过：

第一个 roc 曲线总是 mnT1G:

rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red')

添加其他 roc 曲线（data$Img 是来自另一个数据帧的所有图像名称（如 T1G、T01 等））。我知道它们都是蓝色的 :

sapply(unique(data$Img[data$Img != "T1G"]), FUN = function(i) paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue'), simplify = FALSE)

但是我得到这个错误：

Error in roc.default(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn", i, sep = "")], : Predictor must be numeric or ordered.

for 循环也是如此：

for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){
    plot.new()
    rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red')
    paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue')
}

我检查了这些列，它们都是数字。所以也许我的脚本中的 class 出了问题？

Answer 1

您的其中一列不是您预期的数字。不幸的是，来自 R 的错误消息不会告诉您问题发生在循环的哪次迭代，但您可以轻松地将 print 语句添加到循环中以找出哪一列产生问题

for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){
    print(i)
    plot.new()
    rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red')
    paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue')
}

最后打印的列号将是那个。您可以看到列发生了什么：

class(cor.datT[paste("mn",i, sep = "")])
str(cor.datT[paste("mn",i, sep = "")])

更一般地说，您可以使用

快速检查数据框的所有列

str(cor.datT)

特别检查 class character 或 factor 的列。

Answer 2

正如您在对我的其他答案的评论中指出的那样，问题是您从提取中得到了特定的 data.frames。

在一个data.frame中，用单个字符returns提取一个data.frame。这记录在 ?Extract.data.frame:

Data frames can be indexed in several modes. When [ and [[ are used with a single vector index (x[i] or x[[i]]), they index the data frame as if it were a list.

并查看 ?Extract：

Recursive (list-like) objects
Indexing by [ is similar to atomic vectors and selects a list of the specified element(s).

从文字上看不是很明显，但是为了将列提取到向量中，需要使用两个括号[[，所以

class(cor.datT[[paste("mn",i, sep = "")]])

应该是向量。

现在下面的代码应该运行：

rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red')
for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){
    roc(cor.datT$PA, cor.datT[[paste("mn",i, sep = "")]], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue')
}

使用 for 循环或 sapply 创建 ROC 曲线

Create ROC curve with for loop or sapply

loops

r

roc

proc-r-package