R/Network分析——如何通过节点的属性创建边

Question

亲爱的 Whosebug 社区，

我目前正在使用 R 编译一个从属关系网络，其中节点是 companies/umbrella 个组织，关系定义为 "member of"。目前，我的列表仍然很小，我可以根据节点的位置（我使用 igraph）如下创建边：

g <- igraph::add_edges(g, c(1,51,
                          1,52,
                          1,53,
                          1,54))

但是，我正在添加新节点，最终网络将包括至少 500 个组织。这意味着每次添加新节点时节点的位置都会发生变化。由于每次添加新节点时都无法重做边缘，有没有办法在知道节点名称的情况下添加边缘？

节点的名称被视为一个属性，我尝试使用与上面相同的命令包括名称 - 而不是位置 - 但它不起作用：

g <- igraph::add_edges(g, c(V(g)$name=="Company1", V(g)$name == "Umbrella2"))

关于如何通过指定名称而不是位置来创建边有什么建议吗？

Answer 1

我相信您正在寻找 as.numeric(V(g)["Company1"])。

不过，我强烈建议反对构建网络结构在 R 脚本中。即使对于小型网络，我也会将我的数据输入到 excel 文件中，创建一个 R 脚本，将数据读取为边缘列表并从中创建 igraph。这样一来，您就可以随着对哪些数据实际进入您的网络进行更好的监督来添加您的公司和组织，我想这正是您首先要寻找的。不过，在这里这样做会超出问题范围。

至于按名称添加节点，我为您编写了这个示例，希望它具有教学意义。

library(igraph)

# Make an empty Bipartite graph
g <- make_bipartite_graph(0, NULL, directed=TRUE)
g <- delete_vertices(g, 1)


# Create vertices of two different types: companies and umbrellas
g  <- add_vertices(g, 5, color = "red", type=TRUE, name=paste("Company", 1:5, sep="_"))
g  <- add_vertices(g, 2, color = "blue", type=FALSE, name=paste("Umbrella", 1:2, sep="_"))

# In a bipartate graph edges may only appear BETWEEN verticies of different types. Companies
# can belong to umbrellas, but not to each other.

# Look at the types:
ifelse(V(g)$type, 'Company', 'Umbrella')  # true for companies, false for umbrellas

# Lets add some edges one by one. This is what I believe you're asking for in the question:
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_1"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_1"])))
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_1"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_2"])))
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_2"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_1"])))
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_3"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_1"])))
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_4"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_2"])))
g <- add_edges(g, c(as.numeric(V(g)["Company_5"]), as.numeric(V(g)["Umbrella_2"])))

# Note that "Company_1" belongs to two umbrella organisations, as I assume your companies can:
plot(g)

R/Network分析——如何通过节点的属性创建边

R/Network Analysis - How to create edges by node's attributes

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