使用 persp3D 在 R 中绘制 3D 图 - 轴问题

Question

我有一个矩阵 (m)，我正在尝试绘制该矩阵的 3D 表示。

    > dput(head(m))

structure(c(21930, 21844, 21758, 21672, 21586, 21500, 22016, 
21930, 21844, 21758, 21672, 21586, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(6L, 26L), .Dimnames = list(
    NULL, c("freq.min", "freq.max", "X0", "X1", "X2", "X3", "X4", 
    "X5", "X6", "X7", "X8", "X9", "X10", "X11", "X12", "X13", 
    "X14", "X15", "X16", "X17", "X18", "X19", "X20", "X21", "X22", 
    "X23")))

我设法绘制了 3D 曲面图，但轴和轴标签都不正确。请注意，下面的 3D 曲面图使用了整个矩阵，而不仅仅是 header，为了简洁起见，我在此处仅将其作为 dput 包括在内。

persp3D(z = m[,3:26], col = "lightgrey", shade = 0.5, ticktype = "detailed", axes=T)

让我们从坐标轴本身说起：从X0到X23的坐标轴应该是矩阵的X轴（列名），但在这里它被视为Y轴。 Y轴，这里看做X轴，范围是0到22016，256个区间，86.

我花了最后几个小时在互联网上搜索有关如何更改轴标签的答案，但没有成功。据我了解，如果我关闭 persp3D (axes=F) 中的轴参数，我就可以在后续行中自定义轴，如下所示：

axis3d(edge= 'y+-', at =seq(0,23,by=1) ,
       labels = seq(0,23,by=1))

但是，弹出一个 RGL 设备，只绘制轴而没有实际绘图本身，这在 built-in R 图形设备中保持不变。

如何成功更改坐标轴？

Answer 1

这是您要找的吗？

clab <- 0:23
rlab <- seq(0, 21586, 86)

cnum <- length(clab)
rnum <- length(rlab)

m <- matrix(
  c(runif(0.5*cnum*rnum)-1, runif(0.5*cnum*rnum)+1), 
  rnum, cnum, 
  dimnames = list(rlab, clab))

library(rgl)

plot3d(
  clab, rlab, t(m),
  type="n",
  aspect = c(100, 200, 20),
  xlab = "x", ylab = "y", zlab = "z",
  sub = "Grab me and rotate me!"
)

surface3d(
  clab, rlab, t(m),
  color = c("black", "white"),
  alpha = 0.5,
  add = TRUE
)

要更改轴，您可以交换 x 和 y 并将 z 转置为 t()。

附带说明：我编写了两个函数来将 3D 点云数据从高格式转换为宽格式，反之亦然：recexcavAAR::spatialwide 和 recexcavAAR::spatiallong。我发现它们在绘图和分析之间来回切换非常有用。也许它们对你有用。

编辑： 一次调用 persp3d

的替代解决方案

clab <- 0:23
rlab <- seq(0, 21586, 86)

cnum <- length(clab)
rnum <- length(rlab)

m <- matrix(
  c(runif(0.5*cnum*rnum)-1, runif(0.5*cnum*rnum)+1), 
  rnum, cnum, 
  dimnames = list(rlab, clab))

library(rgl)

persp3d(
  clab, rlab, t(m),
  color = c("black", "white"),
  alpha = 0.5,
  aspect = c(100, 200, 20),
  xlab = "x", ylab = "y", zlab = "z",
  sub = "Grab me and rotate me!"
)

使用 persp3D 在 R 中绘制 3D 图 - 轴问题

3D plot in R using persp3D - Axis issues

r

matrix

3d

rgl