如何从二进制矩阵做 R Vennerable Venn 图？

Question

检查基本示例表明 Vennerable 输入必须是向量列表 here。因此，我执行以下操作，在那里我采用二进制 p 值矩阵，并尝试根据它们的共同特征创建维恩图

library("Vennerable")
library('limma') # vennCounts, vennDiagram
library("psych")

ids <- seq(1,11)
M.cor <- cor(mtcars)
colnames(M.cor) <- ids
rownames(M.cor) <- ids

p.mat <- psych::corr.test(M.cor, adjust = "none", ci = F)

alpha <- 0.000000005

lista <- list(
  as.vector(p.mat[["p"]] < alpha), 
  as.vector(p.mat[["r"]] < alpha),
  as.vector(p.mat[["t"]] < alpha)
  )
# List of 3 vectors    

Vstem <- Venn(lista)

plot(Vstem, doWeights = TRUE, type = "circles")

图1 输出错误

预期输出：三个圆的 Vennerable Venn 图

粗壮

List of 3
 $ : logi [1:121] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE ...
 $ : logi [1:121] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE ...
 $ : logi [1:121] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE ...
Formal class 'Venn' [package "Vennerable"] with 2 slots
  ..@ IndicatorWeight : int [1:8, 1:4] 0 1 0 1 0 1 0 1 0 0 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:8] "000" "100" "010" "110" ...
  .. .. ..$ : chr [1:4] "1" "2" "3" ".Weight"
  ..@ IntersectionSets:List of 8
  .. ..$ 000: NULL
  .. ..$ 100: NULL
  .. ..$ 010: NULL
  .. ..$ 110: NULL
  .. ..$ 001: NULL
  .. ..$ 101: NULL
  .. ..$ 011: NULL
  .. ..$ 111: logi [1:2] TRUE FALSE

R: 3.3.1
OS：Debian 8.5

Answer 1

user20650在评论中的回答

lista <- list(
  which(p.mat[["p"]] < alpha), #as.vector(p.mat[["p"]] < alpha), 
  which(p.mat[["r"]] < alpha), #as.vector(p.mat[["r"]] < alpha),
  which(p.mat[["t"]] < alpha) #as.vector(p.mat[["t"]] < alpha)
  )

输出

门票：#39 and #40

如何从二进制矩阵做 R Vennerable Venn 图？

How to do R Vennerable Venn Diagram from Binary Matrices?

r

vector

matrix

significance

venn-diagram