在 knitr 的分块文件中保留降价

Question

我有一个名为 runDataAnalysis.R 的 R 脚本，我在其中调用了一个长分析文件 actualAnalysis.R。

我想用 knitr 生成报告（我没有使用 RStudio）。

所以我遵循了一些 good advice 并做了以下事情：

我的长分析文件顶部有 ## @knitr runMostAnalyses。

我的 runDataAnalysis.R 文件中也有这些行：

---
output: html_document: 
        toc: true
---

```{r echo=FALSE}
read_chunk('pathtofile/actualAnalysis.R')
```

```{r first}
<<runMostAnalyses>>
```

最后，我运行它并通过调用 rmarkdown::render('runDataAnalysis.R') 获取报告。这在大多数情况下都有效，但它不会保留源文件中指示的降价（至少与通常用于 rmarkdown 的格式不同）。例如，我有不同的标题级别 #' #、#' ## 和 #' ###。但这只是在报告文件中逐字复制，而不是解释为标题（并包含在内容的 table 中）。我在 chunk options 中找不到任何相关选项。

评估块时是语法不同还是我做错了什么？

Answer 1

如果将 Rmd 导入 Rmd 文件，您可以使用描述的解决方案之一 here：使用块参数 child

```{r, child = 'pathtofile/actualAnalysis.R'}
```

或使用函数knit_child（returns将转换后的文档作为字符串）连同块参数results设置为'asis'：

```{r echo=FALSE, results='asis'}
   cat(knit_child(text = readLines('pathtofile/actualAnalysis.Rmd', quiet = TRUE)) 
```

如果导入的文件是要用 spin 处理的格式化 R 脚本，将 knit_child 替换为 spin_child 后同样应该可以工作。

如果父文档本身也是这样一个格式化的 R 脚本，要用旋转处理（不是 Rmd，如您的示例），您可以使用双花括号导入子文档（为旋转格式化），如所述在 spin_child 文档中：

{{ spin_child('pathtofile/actualAnalysis.R') }}

在 knitr 的分块文件中保留降价

Preserve markdown in chunked file for knitr

markdown

r

knitr