将 graphNEL 图转换为网络图

Question

我正在尝试将 graphNEL 图表转换为 network 图表。

这是我使用 topGO 的 vignette:

的示例

  library(topGO)
  library(ALL)
  data(ALL)
  data(geneList)
  affyLib <- paste(annotation(ALL),"db",sep= ".")
  library(package=affyLib,character.only=TRUE)
  topgo.obj <- new("topGOdata",description="Simple session",ontology="BP",allGenes=geneList,geneSel=topDiffGenes,nodeSize=10,annot=annFUN.db,affyLib=affyLib)

topgo.graph <- attr(topgo.obj,"graph")

并尝试通过 intergraph

将 topgo.graph 转换为网络

  library(network)
  library(sna)
  library(scales)
  library(igraph)
  library(intergraph)

  topgo.igraph <- graph_from_graphnel(topgo.graph,name=TRUE,weight=TRUE,unlist.attrs=TRUE)

最后

topgo.network <- asNetwork(topgo.igraph,amap=attrmap())

抛出此错误：

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) : 
  cannot coerce class ""environment"" to a data.frame

当我用 intergraph 的例子尝试这个时：

asNetwork(exIgraph)

它工作正常据我所知 exIgraph 和 topgo.igraph 看起来很相似：

> exIgraph
IGRAPH D--- 15 11 -- 
+ attr: label (v/c), label (e/c)
+ edges:
 [1]  2-> 1  3-> 1  4-> 1  5-> 1  6-> 7  8-> 9 10->11 11->12 12->13 13->14 14->12

> topgo.igraph
IGRAPH DNW- 1017 2275 -- 
+ attr: name (v/c), genes (v/x), weight (e/n)
+ edges (vertex names):
 [1] GO:0000003->GO:0008150 GO:0000070->GO:0000278 GO:0000070->GO:0007067 GO:0000070->GO:1903047 GO:0000070->GO:0000819
 [6] GO:0000075->GO:0022402 GO:0000077->GO:0031570 GO:0000077->GO:0006974 GO:0000079->GO:1904029 GO:0000079->GO:0071900
[11] GO:0000082->GO:0044772 GO:0000082->GO:0044843 GO:0000086->GO:0000278 GO:0000086->GO:0044772 GO:0000086->GO:0044839
[16] GO:0000122->GO:0006357 GO:0000122->GO:0045892 GO:0000122->GO:0006366 GO:0000165->GO:0035556 GO:0000165->GO:0023014
[21] GO:0000187->GO:0032147 GO:0000187->GO:0043406 GO:0000209->GO:0016567 GO:0000226->GO:1902589 GO:0000226->GO:0007010
[26] GO:0000226->GO:0007017 GO:0000278->GO:0007049 GO:0000280->GO:0048285 GO:0000302->GO:0006979 GO:0000302->GO:1901700
[31] GO:0000723->GO:0006259 GO:0000723->GO:0032200 GO:0000723->GO:0060249 GO:0000819->GO:1902589 GO:0000819->GO:0098813
[36] GO:0000819->GO:0051276 GO:0000902->GO:0032989 GO:0000910->GO:0022402 GO:0000910->GO:0051301 GO:0001501->GO:0048731
+ ... omitted several edges

有什么想法吗？

Answer 1

发生这种情况是因为 "gene" 属性。如果您使用 V(topgo.igraph)$gene 查看它，您将看到它 return 环境列表而不是向量。当深入 intergraph 代码时，它会尝试将顶点属性强制转换为数据框，但这是它做不到的。（这发生在 dumpAttr() 函数中——参见 getAnywhere(dumpAttr.igraph)。）

要解决这个问题，您可以简单地删除属性：

topgo.igraph <- delete_vertex_attr(topgo.igraph,"genes")
topgo.network <- asNetwork(topgo.igraph,amap=attrmap())

参数unlist.attrs=T我认为是为了防止上面的确切问题而设计的，但在这种情况下不起作用。这可能是由于网络中基因使用的命名约定。

如果您查看原始 graphNEL 对象的属性，您会注意到它由 class environment:

的对象组成

> head(graph::nodeData(topgo.graph, attr = "genes"))
$`GO:0000003`
<environment: 0x15c005ae0>

$`GO:0000070`
<environment: 0x15c136bf0>

$`GO:0000075`
<environment: 0x15c118a70>

$`GO:0000077`
<environment: 0x15c13ae70>

$`GO:0000079`
<environment: 0x163145670>

$`GO:0000082`
<environment: 0x16313d148>)

你也可以修改原topGO对象中的属性数据来解决问题：

nodeData(topgo.graph, attr = "genes") <- topgo.obj@graph@nodes
topgo.igraph <- graph_from_graphnel(topgo.graph,name=TRUE,weight=TRUE,unlist.attrs=TRUE)
topgo.network <- asNetwork(topgo.igraph,amap=attrmap())

这保留了基因的顶点属性，如果你想要的话：

> head(network::get.vertex.attribute(topgo.network, "genes"))
[1] "GO:0000003" "GO:0000070" "GO:0000075" "GO:0000077" "GO:0000079" "GO:0000082"

将 graphNEL 图转换为网络图

Convert a graphNEL graph to a network graph

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