来自包 rPithon 的 运行 一个 Python 代码中的错误

Error in running a Python code from R with the package rPithon

我想 运行 来自 R 的 Python 代码:

>>> import nlmpy 
>>> nlm = nlmpy.mpd(nRow=50, nCol=50, h=0.75) 
>>> nlmpy.exportASCIIGrid("raster.asc", nlm)

Nlmpy 是一个 Python 包,用于构建中性景观模型。示例来自website

对于 运行 这个来自 R 的 Python 代码,我正在尝试使用包 rPithon。但是,我收到此错误消息:

if (pithon.available()) 
{ 
  nRow <- 50 
  nCol <- 50 
  h <- 0.75 

  # this file contains the definition of function concat 
  pithon.load("C:/Users/Anaconda2/Lib/site-packages/nlmpy/nlmpy.py") 
  pithon.call( "mpd", nRow, nCol, h) 

} else { 
  print("Unable to execute python") 
} 

Error in pithon.get("_r_call_return", instance.name = instname) : 
Couldn't retrieve variable: Traceback (most recent call last): 
File "C:/Users/Documents/R/win-library/3.3/rPithon/pythonwrapperscript.py", line 110, in <module> 
reallyReallyLongAndUnnecessaryPrefix.data = json.dumps([eval(reallyReallyLongAndUnnecessaryPrefix.argData)]) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\__init__.py", line 244, in dumps 
return _default_encoder.encode(obj) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 207, in encode 
chunks = self.iterencode(o, _one_shot=True) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 270, in iterencode 
return _iterencode(o, 0) 
File "C:\Users\ANACON~1\lib\json\encoder.py", line 184, in default 
raise TypeError(repr(o) + " is not JSON serializable") 
TypeError: array([[ 0.36534654,  0.31962481,  0.44229946, ...,  0.11513079, 
0.07156331,  0.00286971], [ 0.41534291,  0.41333479,  0.48118995, ...,  0.19203674, 
0.04192771,  0.03679473], [ 0.5188

此错误是否由我的代码中的语法问题引起?我使用 Windows 的 Anaconda 4.2.0 平台,它使用 Python 2.7 版本。

我没有使用过 nlmpy 包,因此,我不确定您的预期输出是什么。但是,这段代码成功地在 R 和 Python 之间进行了通信。

有两个文件,

nlmpyInR.R

command ="python"
path2script="path_to_your_pythoncode/nlmpyInPython.py"

nRow <-50 
nCol <-50 
h <- 0.75

# Build up args in a vector
args = c(nRow, nCol, h)

# Add path to script as first arg
allArgs = c(path2script, args)

Routput = system2(command, args=allArgs, stdout=TRUE)
#The command would be python nlmpyInPython.py 50 50 0.75

print(paste("The Output is:\n", Routput))

nlmpyInPython.py

import sys
import nlmpy 
#Getting the arguments from the command line call
nRow = sys.argv[1]
nCol = sys.argv[2]
h = sys.argv[3]

nlm = nlmpy.mpd(nRow, nCol, h) 
pyhtonOutput = nlmpy.exportASCIIGrid("raster.asc", nlm)
#Whatever you print will get stored in the R's output variable. 
print pyhtonOutput

您收到的错误原因已由 "is not JSON serializable" 行。您的 R 代码调用 mpd 具有某些参数的函数,并且该函数本身将 正确执行。然后 rPithon 库将尝试发送 return 函数返回 R 的值,为此它将尝试 创建一个 JSON 对象 描述 return 值。

这适用于整数、浮点值、数组等, 但不是每一种 Python 对象都可以转换成这样的 JSON 代表。并且因为 rPithon 无法转换 return 值 mpd 这种方式,会产生一个错误。

您仍然可以使用 rPithon 调用 mpd 函数。下列 代码创建一个新的 Python 函数,该函数执行两个步骤:首先 它使用指定的参数调用 mpd 函数,然后它 将结果导出到一个文件,文件名也是一个参数。 使用 rPithon,然后从 R 调用新函数。因为 myFunction 没有 return 任何东西,以 JSON 格式表示 return 值不会有问题。

library("rPithon")

pythonCode = paste("import nlmpy.nlmpy as nlmpy",
                   "",
                   "def myFunction(nRow, nCol, h, fileName):",
                   "    nlm = nlmpy.mpd(nRow, nCol, h)",
                   "    nlmpy.exportASCIIGrid(fileName, nlm)", 
                   sep = "\n")
pithon.exec(pythonCode)

nRow <- 50 
nCol <- 50 
h <- 0.75 

pithon.call("myFunction", nRow, nCol, h, "outputraster.asc")

这里,Python代码定义为R字符串,执行使用 pithon.exec。您也可以将 Python 代码放在单独的文件中 并使用 pithon.load 处理代码,以便 myFunction 功能已知。