使用 sed 命令替换 Fastq 文件 headers 中的模式

Question

我有一个 fastq 文件，我需要根据 Trinity 的需要编辑它的 header。我的 header 是这样的 :

1. @SRR1561197.1.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2115:2122 长度=102
2. @SRR1561197.2.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2202:2120 长度=102
3. @SRR1561197.3.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2319:2125 长度=102
4. @SRR1561197.4.1 HWI-ST1379:100:C29NPACXX:7:1101:2510:2121 长度=102

在上面的 header 中，粗体文本 不断变化，每个 header 其他文本保持不变。 现在我希望所有 header 一次性替换为导致以下 headers:

的模式

@MexD1SRR1561197.1/1
@MexD1SRR1561197.2/1 
@MexD1SRR1561197.3/1
@MexD1SRR1561197.4/1

我使用了以下命令，但没有任何改变：

sed 's/ HWI.*/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq

sed 's/ HWI.+/\/1/g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq

请帮助任何人？

Answer 1

我怀疑这就是你想要的：

sed 's|^@|@MexD1|;  s| HWI.*|/1|g' SRR1561197_1.fastq > change.fastq

请注意，HWT 已更改为 HWI。