在集群上运行 R 代码

Question

我使用 R 来运行一些非常密集的 C 代码 (R Wrapper)。因此，我想在集群上运行我的 .R 文件。我曾经使用看起来像这样的 .pbs 文件从集群上的 C 代码运行可执行文件：

#!/bin/bash
    #PBS -l procs=1
    #PBS -l walltime=240:00:00
    #PBS -N Name
    #PBS -m ea
    #PBS -M name@something.com
    #PBS -l pmem=1000mb
    #PBS -t 1-3
    echo "Starting run at: `date`"
    path/to/myscript
    echo "Job finished with exit code $? at: `date`"

我可以用我的 .R 文件制作一个可执行文件并运行它，就像我用我编译的 C 代码一样吗？如何编译我的 .R 文件？

Answer 1

我猜你会在 Linux/UNIX OS 下使用你的脚本。如果是这种情况，请在您的 R 脚本中添加一个 #! /usr/bin/env Rscript shebang 并使其可执行 chmod u+x path/to/myscript。您不需要编译代码。

请注意，您可能需要在 PBS 脚本中添加类似 module load R 的内容以加载 R 环境变量。

在集群上运行 R 代码

Run R codes on a cluster

r

bash

cluster-computing

executable