防止snakemake制作输出目录

Question

有没有办法阻止 snakemake 为尚不存在的输出创建目录？

fimo 如果目录已经存在，MEME 套件中的

fimo 会在运行的末尾恼人地失败。

我的解决方法是给 fimo 一个不同于我在 output 中指定的输出目录，但想知道是否有更多 straightforward/elegant 解决方案。

给出的例子：

    rule generate_scan:
        output:
            PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
        params:
            genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
            motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
            tmp = 'results/tmp_fimo'
        shell:
            '/home/hjp/meme/bin/fimo'
            ' -o {params.tmp}'
            ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
            ' {params.motif_database}'
            ' {params.genome}'
            ' && '
            'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
            ' && '
            'rm -rf {params.tmp}'

提前致谢！

Answer 1

目前，您无法在 Snakemake 中直接阻止这种情况（大多数工具宁愿反过来抱怨）。但是，我只是在 fimo 的实际调用前加上输出目录上的 rm -r。

防止snakemake制作输出目录

Prevent snakemake from making output directory

python

snakemake