集群 - 绘制最大的 n 个集群

Question

我正在使用 HOPACH 聚类 - 有没有一种方法可以仅可视化最大的 n 聚类（例如，仅绘制 3 个最大的聚类）？当前代码可视化所有集群。

library(cluster)
library(hopach) 

distance =distancematrix(DNA[1:30],"cosangle")
hobpach.DNA =hopach(DNA[1:30],dmat=distance)

labels = c(hobpach.DNA$clustering$labels) 

table(labels, DNA$class)

#Plots all clusters

clusplot(DNA[1:30], hobpach.DNA$clustering$labels, main='Cluster Vis',
     color=TRUE, shade=TRUE,
     labels=2, lines=0)

Answer 1

直接在clusplot中没有这样的东西。但是你可以很容易地找出哪些集群最大，然后只将它们提供给 clusplot 函数。

# find the indicees of the largest clusters
biggest_indicees <- labels %in% names(sort(table(labels), decreasing = TRUE)[1:3])

# plot three largest clusters
clusplot(df[biggest_indicees, ], labels[biggest_indicees], main = 'Cluster Vis',
         color = TRUE, shade = TRUE, labels = 2, lines = 0)

集群 - 绘制最大的 n 个集群

Clustering- Plotting largest n clusters

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cluster-analysis