bioconda: 没有这样的文件或目录 mulled-build

bioconda: No such file or directory mulled-build

我正在尝试为 bioconda 构建一个新包 (verifybamid)。我 运行 在一个最小的 Linux 虚拟机上使用 docker、conda、bioconda-utils 等设置。 conda build verifybamid 有效。当我尝试 ./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug 时,一开始一切正常,但最终我得到 test_package() 调用的 No such file or directory: mulled-build。根据 bioconda-utils:

each built package can now be tested in an isolated busybox container thanks to mulled-build and involucro. This will catch issues where a recipe fails to specify libs (e.g., libgcc) in the run dependencies.

但是我必须安装哪个软件包才能正常工作?

谢谢, 安德烈亚斯

您需要安装 galaxy-lib。实际上,它应该作为 bioconda-utils 的依赖项随 requiremets.txt 文件一起提供。如果没有,请执行 conda install galaxy-lib,您将得到仔细构建以从 Conda 包中创建非常高效的 Docker 容器。

干杯, 比约恩