readOGR (rgdal) 无法从 XML 获取多边形名称

Question

我正在尝试使用包 rgdal 中的 readOGR 函数将英格兰 (Available here, 200Kb) 的 CCG 边界 KML 地图导入 R。我的最终目标是通过根据某些相关值为 CCG 着色来创建热图。我在一个数据框中的 CCG 名称旁边有一个包含这些值的列表。我需要将该数据框中的 CCG 名称与导入的地图对象中的 CCG 名称进行匹配，并根据值分配颜色。但是，我看不到地图对象中导入的任何 CCG 名称，尽管它们存在于 KML 文件中。这就是我正在做的事情：

library(sp)
library(rgdal)
library(maps)
library(maptools)

假设 KML 文件在工作目录中。列出图层：

ogrListLayers("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.KML")

正在阅读OGRGeoJSON层：

ccg_boundaries <- ReadOGR("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.KML","OGRGeoJSON")

R Studio 显示对象中有两个部分（正确的词？）。

polygons，其中包含每个多边形的数据，例如第一个：

> ccg_boundaries@polygons[1]
[[1]]
An object of class "Polygons"
Slot "Polygons":
[[1]]
An object of class "Polygon"
Slot "labpt":
[1] -2.104671 54.040320
Slot "area":
[1] 0.168067
...

和 data，有两个变量（Name 和 Description），我希望它包含 CCG 名称，但它是空的：

> ccg_boundaries@data
    Name Description
0                   
1                   
2                   
3                   
4                   
5

但是，CCG 名称存在于 KML 文件中，如果使用 Word 编辑器打开，则可以看到该文件，例如按字母顺序排列的第一个是 "NHS Airedale, Wharfedale and Craven".

<PolyStyle><fill>0</fill></PolyStyle></Style>
    <ExtendedData><SchemaData schemaUrl="#OGRGeoJSON">
        <SimpleData name="objectid">1</SimpleData>
        <SimpleData name="ccg16cd">E38000001</SimpleData>
        <SimpleData name="ccg16nm">NHS Airedale, Wharfedale and Craven CCG</SimpleData>

是否可以选择 readOGR 或其他一些选项来提取它们并将其包含在对象中？

Answer 1

好的，如果有人遇到同样的问题，这是我找到的解决方案。

网站提供两种格式的地图：KML and SHP。我选择了 KML，因为它被用在我正在关注的一个工作示例中。但是这个特定的 KML 文件或其生成方式似乎有问题。我改用 Shapefile (SHP) 尝试了该过程，效果非常好。

Shapefiles可以通过相同的函数读入R，但不需要指定层：

ccg_boundaries <- ReadOGR("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.SHP")

CCG 名称现在位于 ccg16nm 变量中：

> head(ccg_boundaries@data)
  objectid   ccg16cd                                 ccg16nm st_areasha st_lengths
0        1 E38000001 NHS Airedale, Wharfedale and Craven CCG 1224636590  193149.74
1        2 E38000002                         NHS Ashford CCG  582174805  122841.19
2        3 E38000003                  NHS Aylesbury Vale CCG  984352696  229544.11
3        4 E38000004            NHS Barking and Dagenham CCG   36315011   31196.87
4        5 E38000005                          NHS Barnet CCG   86654018   41833.69
5        6 E38000006                        NHS Barnsley CCG  327520495  106476.52

Answer 2

您的问题是 windows 没有必要的库来从 KML 中提取 ExtendedData。
我在这里提供了一个可行的解决方案：

您的问题的解决方案是以下适用于您的示例 KML 的函数：

library(tidyverse)
library(xml2)
library(rgdal)

readKML <- function(file,keep_name_description=FALSE,layer,...) {
  # Set keep_name_description = TRUE to keep "Name" and "Description" columns
  #   in the resulting SpatialPolygonsDataFrame. Only works when there is
  #   ExtendedData in the kml file.

  sp_obj<-readOGR(file,layer,...)
  xml1<-read_xml(file)
  if (!missing(layer)) {
    different_layers <- xml_find_all(xml1, ".//d1:Folder") 
    layer_names <- different_layers %>% 
      xml_find_first(".//d1:name") %>% 
      xml_contents() %>% 
      xml_text()

    selected_layer <- layer_names==layer
    if (!any(selected_layer)) stop("Layer does not exist.")
    xml2 <- different_layers[selected_layer]
  } else {
    xml2 <- xml1
  }

  # extract name and type of variables

  variable_names1 <- 
    xml_find_first(xml2, ".//d1:ExtendedData") %>% 
    xml_children() 

  while(variable_names1 %>% 
        xml_attr("name") %>% 
        is.na() %>% 
        any()&variable_names1 %>%
        xml_children() %>% 
        length>0) variable_names1 <- variable_names1 %>%
    xml_children()

  variable_names <- variable_names1 %>%
    xml_attr("name") %>% 
    unique()

  # return sp_obj if no ExtendedData is present
  if (is.null(variable_names)) return(sp_obj)

  data1 <- xml_find_all(xml2, ".//d1:ExtendedData") %>% 
    xml_children()

  while(data1 %>%
        xml_children() %>% 
        length>0) data1 <- data1 %>%
    xml_children()

  data <- data1 %>% 
    xml_text() %>% 
    matrix(.,ncol=length(variable_names),byrow = TRUE) %>% 
    as.data.frame()

  colnames(data) <- variable_names

  if (keep_name_description) {
    sp_obj@data <- data
  } else {
    try(sp_obj@data <- cbind(sp_obj@data,data),silent=TRUE)
  }
  sp_obj
}

readOGR (rgdal) 无法从 XML 获取多边形名称

readOGR (rgdal) fails to fetch polygon names from XML

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maps

kml

rgdal

sp