提取模型摘要并将它们存储为新列

Question

我是 purrr 范式的新手，并且正在为之苦苦挣扎。

根据一些来源，我设法嵌套了一个数据框，运行嵌套数据的线性模型，从每个 lm 中提取一些系数，并为每个 lm 生成摘要.我想做的最后一件事是从摘要中提取 "r.squared" （我认为这将是我想要实现的最简单的部分），但无论出于何种原因我无法获得语法正确的。

这是我所拥有的有效的 MWE：

library(purrr)
library(dplyr)
library(tidyr)

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>%
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
         sum = map(fit, ~summary))

这是我尝试提取失败的 r.squared 的尝试：

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>%
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
         sum = map(fit, ~summary),
         rsq = map_dbl(sum, "r.squared"))

Error in eval(substitute(expr), envir, enclos) : 
  `x` must be a vector (not a closure)

这与 RStudio 网站上给出的示例表面上相似：

mtcars %>%
  split(.$cyl) %>%
  map(~ lm(mpg ~ wt, data = .x)) %>%
  map(summary) %>%
  map_dbl("r.squared")

这有效，但是我希望 r.squared 值位于一个新列中（因此有 mutate 语句）并且我想了解为什么我的代码不起作用而不是解决问题。

编辑：

这是我使用以下解决方案得出的有效解决方案：

mtcars %>%
      nest(-cyl) %>% 
      mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
             summary = map(fit, glance),
             r_sq = map_dbl(summary, "r.squared"))

编辑 2：

所以，事实证明这个错误是由于在 summary = map(fit, ~summary) 行中包含波浪键。我的猜测是使对象成为一个嵌套的函数，而不是摘要本身返回的对象。如果有人想插话，希望对此有权威的回答。

需要说明的是，这个版本的原始代码工作正常：

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>%
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
         summary = map(fit, summary),
         r_sq = map_dbl(summary, "r.squared"))

Answer 1

我认为对于您想实现的目标，您最好使用 broom 包中的 glance() 函数：

library(broom)
library(dplyr)
mtcars %>%
  group_by(cyl) %>%
  do(glance(lm(mpg ~ wt, data = .))) %>%
  select(cyl, r.squared)
#    cyl r.squared
#  <dbl>     <dbl>
#1     4 0.5086326
#2     6 0.4645102
#3     8 0.4229655

Answer 2

一定有更好的方法，这是我对管道的尝试：

mtcars %>%
  split(.$cyl) %>%
  map(~ lm(mpg ~ wt, data = .x)) %>%
  map(summary) %>%
  map_dbl("r.squared") %>% 
  list() %>% 
  as.data.frame(col.names = "r.squared") %>% 
  add_rownames(var = "cyl")

# # A tibble: 3 × 2
#     cyl r.squared
#   <chr>     <dbl>
# 1     4 0.5086326
# 2     6 0.4645102
# 3     8 0.4229655

注意：您可能会低于警告。

Warning message: Deprecated, use tibble::rownames_to_column() instead.

Answer 3

为了适应您当前的管道，您需要使用 unnest 以及 broom 包中的 map 和 glance。

library(tidyr)
library(dplyr)
library(broom)

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>%
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .))) %>% 
  unnest(map(fit, glance))

您将获得的不仅仅是 r 平方，您还可以使用 select 删除不需要的内容。

如果您想将模型摘要嵌套在列表列中：

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>% 
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
         summary = map(fit, glance))

如果你只想从嵌套框架中提取单个值，你只需要使用 map 到实际值（而不是我最初建议的 [[ 或 extract2 ，非常感谢您发现这一点）。

mtcars %>%
  nest(-cyl) %>% 
  mutate(fit = map(data, ~lm(mpg ~ wt, data = .)),
         summary = map(fit, glance),
         r_sq = map_dbl(summary, "r.squared"))

提取模型摘要并将它们存储为新列

Extract model summaries and store them as a new column

r

dplyr

lm

summary

purrr