距阵列的百分比编辑距离

Question

我正在尝试从一组序列中获取编辑距离的百分比。到目前为止，这就是我所拥有的：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Text::Levenshtein qw(distance);

my @sequence = qw(CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------ 
CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------  
RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------);


foreach my $list (@sequence){
    my @distance = distance($list, @sequence);
    my @length = $list =~ tr/[A-Z]///;
}

我能够根据 @length 的字母获得 @distance 的编辑距离和每个序列的长度。如果打印结果如下：

@distance

@length

由于@length的每一行都相当于@sequence的每一行，比较两行时我想用最大的@length来得到百分比。因此，当在第二个和第三个序列之间有一个编辑距离时，它将使用 16 而不是 13 的长度来获得百分比。我认为需要发生的是仅调用 @length 数组的两个元素并选择较大的元素然后放入百分比，可能使用 if 语句。

我知道这段代码是错误的，但这通常是我想要的想法：

foreach my  $list (@sequence){
        my @distance = distance($list, @sequence);      
        my @length = $list =~ tr/[A-Z]//;                # / syntax hilite fix

        foreach my $item(@distance){
                foreach @length {
                        my $num1 = if $length[0] >= $length[1];
                                 print "$item/$num1\n";
                        else my $num2 = $length[1] >= $length[0];
                                print "$item/$num2\n";
                }
        }
}

答案应类似于以下内容：

0 0 .8125 1.0769
0 0 .8125 1.0769
.8125 .8125 0 .6875
1.0769 1.0769 .6875 0

Answer 1

试试这个。总结一下：我们计算了对之间的编辑距离字符串。对于每一对，我们要确定距离的分数和最大字符数 (A-Z)。最大字符数取为该对中两项的最大值。

use strict;
use warnings;

use Text::Levenshtein qw(distance);

my @sequence = qw(
        CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
        CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------
        CA--------S-------------------SLVFGQGDNIQY---F------
        RA--------S-------------------SLIYSP----LH---F------
);

my @length = map { tr/[A-Z]// } @sequence;

for my $i (0..$#sequence) {
    my $list = $sequence[$i];
    my @distance = distance($list, @sequence);
    my $num1 = $length[$i];
    for my $j (0..$#distance) {
        my $item = $distance[$j];
        my $num2 = $length[$j];
        my $num = ( $num2 > $num1 ) ? $num2 : $num1;
        printf "%.4f ", $item/$num;
    }
    print "\n";
}

输出:

0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.0000 0.0000 0.8125 1.0769 
0.8125 0.8125 0.0000 0.6875 
1.0769 1.0769 0.6875 0.0000

距阵列的百分比编辑距离

Percentage edit distance from array

arrays

perl

loops

edit-distance

bioinformatics