使用 conda 安装 glpk cvxopt

Question

我已经设置了一个环境，所有包都由 conda 管理（即使是 gcc）。我想要做的是安装支持 GLPK 的 cvxopt:

CVXOPT_BUILD_GLPK=1 pip install cvxopt

这样做直接导致

src/C/glpk.c:24:18: fatal error: glpk.h: No such file or directory
 #include <glpk.h>
                  ^
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

所以我用 conda 安装了 glpk：

conda install -c conda-forge glpk=4.60

然后重试：

CVXOPT_BUILD_GLPK=1 pip install cvxopt

获取错误：

src/C/umfpack.c:23:21: fatal error: umfpack.h: No such file or directory
 #include "umfpack.h"
                     ^
compilation terminated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

所以我尝试用以下方法解决它：

conda install -c conda-forge scikit-umfpack=0.2.3

所以在这种情况下，CVXOPT_BUILD_GLPK=1 pip install cvxopt是成功的，

但是，当我尝试运行一个 python 程序时：

Traceback (most recent call last):
  File "my_programme.py", line 19, in <module>
    from cvxopt import normal, matrix
  File "/home/me/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/cvxopt/__init__.py", line 32, in <module>
    import cvxopt.base
ImportError: /home/me/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/cvxopt/base.so: undefined symbol: _gfortran_st_write_done

我不知道如何解决这个问题....有什么帮助吗？谢谢你。我更愿意使用 conda 管理所有程序....

编辑：之后我尝试了：

pip uninstall cvxopt
conda install -c jjhelmus cvxopt_glpk=1.1.6

然后我得到这个错误：

  File "my_code.py", line 19, in <module>
    from cvxopt import normal, matrix
  File "/home/me/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/cvxopt/__init__.py", line 32, in <module>
    import cvxopt.base
ImportError: liblapack.so.3gf: cannot open shared object file: No such file or directory

我真的不确定为什么即使在我使用 conda 统一管理我的包之后这也必须如此复杂......此外，在我做了所有这些混乱之后......我的系统也变得有问题。我对这一切感到很沮丧....

现在……我快崩溃了……我完全删除conda并安装conda clean……然后做

conda install -c jjhelmus cvxopt_glpk=1.1.6

在运行完成程序后，我得到：

Traceback (most recent call last):
  File "extract_small_confgs_from_GMC.py", line 19, in <module>
    from cvxopt import normal, matrix
  File "/home/me/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/cvxopt/__init__.py", line 32, in <module>
    import cvxopt.base
ImportError: liblapack.so.3gf: cannot open shared object file: No such file or directory

天哪.....

Answer 1

我解决了我的问题：

conda install -c conda-forge glpk=4.60
conda install -c conda-forge cvxopt=1.1.8

基本上，我们需要使用一致的 condo-forge 的一切。例如他们的 glpk 和 cvxopt。

使用 conda 安装 glpk cvxopt

installing glpk cvxopt with conda

c++

python

conda