使用 Cytoscape.js 在所有节点上执行中心函数

Question

我需要计算图上每个节点的 degree、紧密度和介数中心性。在 cy.ready() 事件之后，我目前在每个节点上使用内置于 Cytoscape.js 中的函数。然而，由于图表非常大（250+ 个节点，650+ 个连接），计算时间太长。谁能推荐一个更有效的方法？

var calculateSNA = function() {
  // Don't run if already set...
  if(data.sna) return false
  console.log('Running SNA')

  _.map(nodes, function(node) {
    var target = cy.nodes('#' + node.data.id)
    node.data.sna  = {
      degreeCentrality: cy.$().dc({ root: target }).degree,
      closenessCentrality: cy.$().cc({ root: target }),
      betweennessCentrality: cy.$().bc().betweenness(target)
    }
    return node
  })

  // Add SNA data to local storage
  Data.add({
    sna: true
  })
  Node.set(nodes)

  console.log('SNA complete')
}


cy.ready(function(event) {
  console.log('cy.ready()')
  calculateSNA()
})

Answer 1

运行算法一次，而不是运行它N次。然后直接查询结果：

let ccn = cy.elements().closenessCentralityNormalized({ /* my options */ });

cy.nodes().forEach( n => {
  n.data({
    ccn: ccn.closeness( n )
  });
} );

除非您有充分的理由不这样做，否则请使用中心性算法的规范化版本。例如，如果您将一张图表中的结果与另一张图表中的结果进行比较，只有规范化版本才真正有意义。

使用 Cytoscape.js 在所有节点上执行中心函数

Perform Centrality Functions on all Nodes using Cytoscape.js

javascript

graph-theory

cytoscape

cytoscape.js

network-analysis