R 噩梦:Yosemite、R、RStudio 和 Homebrew

R nightmare: Yosemite, R, RStudio, and Homebrew

我使用 MacBook Pro 13" Retina(2013 年末)和 OS X Yosemite 10.10.2。我不希望我最大的敌人遇到这个。好吧也许。

噩梦按时间顺序排列:

  1. 从官方网站下载了 R 和 RStudio。
  2. 运行两个应用都用了几次,没问题。
  3. 已安装自制软件。 运行 "brew doctor" 在终端中。 Brew 医生说 R 文件有问题。
  4. RStudio 开始表现得很奇怪。
  5. 已通过 CRAN 镜像下载 ggplot2 R 包。 5GB 的数据阻塞了 "private/var" 文件。删除了里面的一些数据。
  6. Mac吓坏了。内核恐慌,直到 Apple Store Genius 擦除 Mac 并重新安装 OS X.

我想继续使用 R 和 RStudio。问题:

  1. 如何在不再次炸毁 Mac 的情况下解决这个问题?
  2. 如何通过 Homebrew 安装 R 和 RStudio?
  3. 我需要先安装 XQuartz 吗?
  4. 如果我安装未编译的 R 和 RStudio 会怎样?
  5. 我应该识别 R、RStudio 和 Homebrew 之间的哪些冲突?
  6. 安装所有 Homebrew、R 和 RStudio 的常见怪癖?
  7. 我怎样才能让 Homebrew、R 和 RStudio 从此过上幸福的生活而不烧毁房子?

谢谢!

How do I go about this without blowing up the Mac again?

不要在计算机 运行ning 时尝试删除交换文件!如果您开始删除随机系统文件,您的日子会很糟糕。

How to install R and RStudio via Homebrew?

您可以使用 brew install r 安装 R。您可以使用 homebrew-cask 安装二进制 RStudio,例如 brew install Caskroom/cask/rstudio.

Do I need to install XQuartz first?

不,这不再是必需的。

What would happen if I install R and RStudio unbrewed?

没什么不好; brew doctor 可能会报告结果,但这些不是错误,您不应该认为它们代表问题,尽管如果您稍后寻求帮助以尝试诊断构建失败,它们对像我这样的维护者很有帮助。

What conflicts between R, RStudio and Homebrew should I recognize?

没有重要的冲突。如果您从 http://r.research.att.com/libs/ 安装编译器,如果您使用的是 brewed R,则这是不必要的,您以后可能无法从 Homebrew 安装诸如 gcc(它提供 gfortran)之类的东西。

Common quirks of having all of Homebrew, R, and RStudio installed?

自 2015 年 8 月起,不再需要以下评论;软件包现在默认安装到 /usr/local/lib/R/x.y/site-library 并且应该在较小的 R 升级后继续存在。

如果您使用的是 brewed R,并且您希望安装的包在较小的 R 升级后仍然存在,您可以 运行 mkdir -p ~/Library/R/3.2/library 然后 R 将默认将包安装到该路径(放置包在您的主目录中,而不是在 Cellar 中)。

How can I make Homebrew, R, and RStudio live happily ever after without burning down the house?

见上文!

回顾这个问题,考虑所有有用的评论和答案,关于在已经安装了 R 和 Homebrew 的 Mac 上下载 R 包:

在 RStudio 界面的 R 控制台中执行,只需键入 install.packages("name of the package")

自从我开始直接在 RStudio 中下载 R 包以来,我没有遇到任何问题。系统很开心