本地安装 libc 的问题

Question

我正在尝试运行在某些工作机器上实现 alexNet 的 Theano 实现。当我第一次尝试运行时，出现以下错误：

$ THEANO_FLAGS=mode=FAST_RUN,floatX=float32 python train.py

 ....

 ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /data1/software/analysis/libstdc++.6.0.15/usr/lib64/libstdc++.so.6)

通常情况下，我在这种情况下会使用我的包管理器来更新 libc，但由于 work/administrative 原因，这不是一个选项。因此，我所做的是安装本地版本的 libc 并更改 .bashrc 文件中的 LD_LIBRARY_PATH 以指向它。但是，现在我收到以下错误：

$ THEANO_FLAGS=mode=FAST_RUN,floatX=float32 python train.py
python: relocation error: /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6: symbol _dl_starting_up, version GLIBC_PRIVATE not defined in file ld-linux-x86-64.so.2 with link time reference

奇怪的是，当我尝试 'ls'.

时，我得到了类似的 'relocation error'

有谁知道我如何安装一个只供我的 Python 解释器使用，而不供其他所有解释器使用的 libc 版本？

注意：我使用的libstdc++是本地安装的版本。我安装它的原因与我尝试安装本地版本的 libc 的原因相同。

...

好的，我又进步了一点，但还是卡住了。

如果我 return 到我的旧 LD_LIBRARY_PATH，为了避免像 'ls' 这样的命令出错，我可以验证新的（本地）libc 实际上，使用旧的（系统）ld-linux-x86-64.so.2

$ ldd /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003b9d400000)
linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff887ff000)

所以，我想我会更改 LD_LIBRARY_PATH 以寻找新的（本地）ld-linux-x86-64.so.2

$ export LD_LIBRARY_PATH=/data1/software/analysis/libc.2.14:$LD_LIBRARY_PATH
$ ls /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64
  ld-2.14.1.so  libanl-2.14.1.so   libcidn.so.1
  libm-2.14.1.so       libnss_compat.so.2    libnss_hesiod-2.14.1.so 
  libnss_nisplus.so.2   librt-2.14.1.so libutil.so.1
  ld-linux-x86-64.so.2     libanl.so.1        libcrypt-2.14.1.so   
  libm.so.6        libnss_dns-2.14.1.so    libnss_hesiod.so.2
  libpthread-2.14.1.so  librt.so.1      rtkaio
  libBrokenLocale-2.14.1.so  libc-2.14.1.so     libcrypt.so.1     
  libnsl-2.14.1.so     libnss_dns.so.2     libnss_nis-2.14.1.so  
  libpthread.so.0      libthread_db-1.0.so  
  libBrokenLocale.so.1     libc.so.6          libdl-2.14.1.so        
  libnsl.so.1          libnss_files-2.14.1.so  libnss_nis.so.2         
  libresolv-2.14.1.so   libthread_db.so.1
  libSegFault.so           libcidn-2.14.1.so  libdl.so.2      
  libnss_compat-2.14.1.so  libnss_files.so.2       libnss_nisplus-2.14.1.so 
  libresolv.so.2       libutil-2.14.1.so

$ ldd /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003b9d400000)
linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffad5ff000)

$ echo $LD_LIBRARY_PATH
  /data1/software/analysis/libc.2.14:
  /data1/software/analysis    
  /libstdc++.6.0.15/usr/lib64:/data1/software/analysis/anaconda/lib:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/lib:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/include:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/lib64:
  /data1/software/analysis/anaconda/lib:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/lib:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/include:
  /data2/software/stable/CUDA/5.5.22/lib64:

因此，我的 libc 应该会看到新的 ld-linux-x86-64.so.2。我可以验证这是否具有符号 _dl_starting_up:

$ nm /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 | grep _dl_start*
  0000000000004c00 t _dl_start
  000000000000fc30 t _dl_start_profile 
  0000000000001698 t _dl_start_user
  0000000000220000 V _dl_starting_up
  0000000000220000 b _dl_starting_up_internal

但是，当我尝试运行使用 LD_PRELOAD 的 alexNet 实现以保证使用正确的 libc 时，我仍然遇到相同的错误：

$ LD_PRELOAD=/data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6 THEANO_FLAGS=mode=FAST_RUN,floatX=float32 python train.py

python: relocation error: /data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6: symbol _dl_starting_up, version GLIBC_PRIVATE not defined in file ld-linux-x86-64.so.2 with link time reference

为什么新的（本地）ld-linux 没有覆盖旧的（系统）ld-linux？我的 LD_LIBRARY_PATH 设置不应该解决这个问题吗？

如果我试图通过预加载 ld-linux 来强制解决这个问题，我会得到一个分段错误：

$ LD_PRELOAD=/data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/ld-linux-x86-64.so.2:/data1/software/analysis/libc.2.14/lib64/libc.so.6 THEANO_FLAGS=mode=FAST_RUN,floatX=float32 python train.py
Segmentation fault (core dumped)

所以，现在我卡住了。我不知道

为什么我的 LD_LIBRARY_PATH 设置没有强制我的新（本地）libc 使用新的（本地）ld-linux.
当我强制 libc 使用新的（本地）ld-linux.

Answer 1

So, what I did instead was to install a local version of libc and to change LD_LIBRARY_PATH in my .bashrc file to point to it

请参阅 this answer 了解为什么它不起作用。

Why my setting of LD_LIBRARY_PATH didn't force my new (local) libc to use the new (local) ld-linux.

正如上面的回答所解释的那样，ld-linux 在 link 时被烘焙到您的可执行文件中并且不能被 LD_LIBRARY_PATH 更改。

What I should do about the segmentation fault when I force libc to use the new (local) ld-linux.

LD_PRELOADing ld-linux 可以 永远不会 工作：LD_PRELOAD 被解释 ld-linux，因此您实际上是在将两个单独的 ld-linuxes 强加到您的过程中，这极大地混淆了它们。

那么，你能做什么？

实际上可以在一台主机上安装两个不同版本的 glibc，我们每天都这样做。说明here.

本地安装 libc 的问题

Problems with a local installation of libc

python

glibc

libc

theano