从 R 中的 for 循环将多个图形保存在 1 个 pdf 页面中

Question

请假设任何数据集。情况：我是运行所有自变量的 for 循环，以创建与因变量的关系（散点）图。并希望将绘图保存为 pdf，但 1 个文件的 1 或 2 页 pdf，而不是 1 个单独页面中的每个图形（我已经实现）。我正在使用以下案例

第一次尝试使用开发选项

library(ggplot2)
library(gridExtra)

pdf("one.pdf", onefile = TRUE)
for (i in 1:length(dataset)) 
{
new_plot[[i]]=print(ggplot(data=dataset, aes(x=dataset[[i]], y=loss))+geom_point(size=1, alpha=0.3)+ 
      geom_smooth(method = lm)+
      xlab(paste0(colnames(int[i]), '\n', 'R-Squared: ',round(cor(int[[i]],int$loss, use = 'complete.obs'), 2)))+
      ylab("log(loss)") + theme_light())
plot_list = c(new_plot[[i]])
grid.arrange(plot_list)
}
dev.off()

第二次尝试使用 ggsave

    for (i in 1:length(dataset)) 
    {
    new_plot[[i]]=print(ggplot(data=dataset, aes(x=dataset[[i]], y=loss))+geom_point(size=1, alpha=0.3)+ 
          geom_smooth(method = lm)+
          xlab(paste0(colnames(int[i]), '\n', 'R-Squared: ',round(cor(int[[i]],int$loss, use = 'complete.obs'), 2)))+
          ylab("log(loss)") + theme_light())
    m=marrangeGrob(new_plot[[i]],nrow=2, ncol=2)
    }

    ggsave("one.pdf",m)

两次我都收到错误

Error in gList(data = list(list(x = c(2213.18, 1283.6, 3005.09, 939.85,  : 
only 'grobs' allowed in "gList"

此外，如果可能，请分享如何将图表以 2*2（示例）的形式发布在每一页上。我非常感谢提前收到的所有 help.Thanks！

Answer 1

一种简单的方法可能是将数据转换为长格式（使用 tidyr 中的 gather），然后只需使用 facet_wrap 为您进行排列。这也节省了一些困难的循环并自动包含您可能 need/want.

的任何图例

因为您没有提供任何可重现的数据，这里是一个内置 iris 数据的示例。

iris %>%
  gather(Response, Value, -Sepal.Width, -Species) %>%
  ggplot(aes(x = Value
             , y = Sepal.Width
             , col = Species)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(method = "lm") +
  facet_wrap(~Response
             , scale = "free_x")

给出：

如果出于某种原因，您确实想循环浏览这些图，则可以使用包 cowplot 将内容拼接在一起。上述方法中的一个问题是，您似乎每次都在覆盖绘图列表，而构建所有绘图然后处理它们可能会更好。

在这里，我使用 lapply 而不是 for，因为它往往工作起来更顺畅。我还使用 aes_string 而不是将向量传递给 aes，因为这样可以更清楚地了解发生了什么。

myPlots <- lapply(names(iris)[c(1,3,4)], function(thisPredictor){
  iris %>%
    ggplot(aes_string(x = thisPredictor
                      , y = "Sepal.Width"
                      , col = "Species")) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm")
})

然后，你可以使用plot_grid把它们放在一起

plot_grid(plotlist = myPlots)

给出：

如果不是传说，这也行得通。幸运的是，这些也很容易处理

plot_grid(
  plot_grid(plotlist = lapply(myPlots, function(x){x + theme(legend.position = "none")})
            , nrow = 1)
  , get_legend(myPlots[[1]] + theme(legend.direction = "horizontal"))
  , nrow = 2
  , rel_heights = c(9,1) )

给予

从 R 中的 for 循环将多个图形保存在 1 个 pdf 页面中

Saving Multiple graphs in 1 pdf page from a for loop in R

pdf

for-loop

r

ggplot2

gridextra