如何在 R 中按组创建热图矩阵？

Question

我有一个示例数据如下，我想创建一个热图，其中根据 3 个招聘站点（站点）和 5 个招聘年（年）显示平均睡眠持续时间（SLP）。

SLP site year sex
8.6  1   2008  1
7.2  1   2005  2
6.4  2   2006  2
9.5  3   2007  2
6.1  2   2009  2
5.1  3   2008  1
2.1  2   2006  2
3.6  1   2001  1
8.6  1   2008  1
7.2  1   2005  2
6.4  2   2006  2
9.5  3   2007  2
6.1  2   2009  2
5.1  3   2008  1
2.1  2   2006  2
3.6  1   2001  1

在我要制作的热图中，x 轴和 y 轴分别是年份和地点，并且每个单元格都包括睡眠持续时间的平均持续时间。

我不知道如何从数据框中制作矩阵来制作热图。我该怎么做？

Answer 1

有很多选择，这也取决于你想如何创建热图。如果你想使用ggplot2那么你不需要修改data.frame。例如，这应该有效：

txt <- "SLP site year sex
8.6  1   2008  1
7.2  1   2005  2
6.4  2   2006  2
9.5  3   2007  2
6.1  2   2009  2
5.1  3   2008  1
2.1  2   2006  2
3.6  1   2001  1
8.6  1   2008  1
7.2  1   2005  2
6.4  2   2006  2
9.5  3   2007  2
6.1  2   2009  2
5.1  3   2008  1
2.1  2   2006  2
3.6  1   2001  1"

d <- read.table(text = txt, header = TRUE)
d$year <- factor(d$year) # make year a factor.

ggplot(d, aes(x = site, y = year, fill = SLP)) + geom_tile()

如何在 R 中按组创建热图矩阵？

How to create matrix for heatmap by group in R?

r

matrix

heatmap

dataframe