如何使用 Bokeh 正确创建热图

Question

我正在尝试使用 Bokeh 而不是 matplotlib 来复制 this question 中显示的热图。虽然我不能完全正确。现有的例子并没有帮助我理解我做错了什么。我的卑微尝试

from bokeh.io import output_notebook; output_notebook()
from bokeh.charts import HeatMap, show
from bokeh.palettes import RdYlGn6
import pandas as pd
import numpy as np

nba = pd.read_csv(urlopen("http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv"), index_col=0)

# Normalize the data columns and sort.
nba = (nba - nba.mean()) / (nba.max() - nba.min())
nba.sort('PTS', inplace=True)

score = []
for x in nba.apply(tuple):
  score.extend(x)

data = {
  'players': list(nba.index) * len(nba.columns),
  'metric':  list(nba.columns) * len(nba.index),
  'score':   score,
}

hm = HeatMap(data, x='metric', y='players',values='score', title='Fruits', stat=None)
show(hm)

给予

请注意，尽管标题相似，this 并未回答我的问题。这不是同一个错误，我使用的是 Bokeh 0.12.3

Answer 1

改变数据的生成metric以逐元素重复，应该是正确的：

'metric': [item for item in list(nba.columns) for i in range(len(nba.index))],

所以对我有用的代码如下：

from bokeh.charts import HeatMap, show, output_file
import pandas as pd, numpy as np
from urllib2 import urlopen

nba = pd.read_csv(urlopen("http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv"), index_col=0)

# Normalize the data columns and sort.
nba = (nba - nba.mean()) / (nba.max() - nba.min())
nba.sort_values(by = 'PTS', inplace=True)

score = []
for x in nba.apply(tuple):
  score.extend(x)

data = {
  'players': list(nba.index) * len(nba.columns),
  'metric':  [item for item in list(nba.columns) for i in range(len(nba.index))],
  'score':   score,
}

output_file('test.html')
hm = HeatMap(data, x='metric', y='players',values='score', title='Fruits', stat=None)
show(hm)

Answer 2

如果您仍想使用 Bokeh 创建热图：图表模块已在最新版本中删除。换句话说，此命令不适用于较新版本的 Bokeh：

from bokeh.charts import HeatMap

由于报错：

ImportError: cannot import name 'charts'

Charts 已移至 bkcharts 包，然后停止使用（中有进一步的参考）。 Holoviews 仍然对 Bokeh 有一些支持，但有一些不同的语法。

在 Bokeh 中创建热图的解决方案是按照 this link about unemployment.py 中的说明使用 p.rect()，结果如下：

p = figure()
hm = p.rect(data, x='metric', y='players',values='score', title='Fruits', stat=None)

产生的结果如下所示：

如何使用 Bokeh 正确创建热图

How to properly create a HeatMap with Bokeh

python

heatmap

bokeh