使用 getGEO 下载 GPL 文件时出错

Question

使用 OSX 10.11 和 R 3.3.0 我在使用 GEOQuery 包时遇到此错误：

library(GEOquery)
GSE56045 <- getGEO("GSE56045")

它下载 GSE 文件但不下载 GPL：

Error in download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) : 
  cannot open URL 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?targ=self&acc=GPL10558&form=text&view=full'

Answer 1

看起来 GPL 文件被重定向，GEOquery 中自动设置的下载方法无法遵循重定向：setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

我能够通过运行在 R 中实现它：options('download.file.method.GEOquery' = 'libcurl') 另外，我不得不删除旧的下载 GPL 文件——这只是重定向消息。对于 getGEO 命令，使用 destdir = 设置下载目录而不是查找临时文件更容易。

使用 getGEO 下载 GPL 文件时出错

Error downloading GPL file with getGEO

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