Python 无法打开 .h5 文件

Question

我正在尝试打开一个 HDF5 文件，以便使用 python 读取它，以便我以后可以用它做更多的事情。运行程序读取文件时出现错误。程序如下：

import h5py    # HDF5 support
import numpy

fileName = "C:/.../file.h5"
f = h5py.File(fileName,  "r")
for item in f.attrs.keys():
    print item + ":", f.attrs[item]
mr = f['/entry/mr_scan/mr']
i00 = f['/entry/mr_scan/I00']
print "%s\t%s\t%s" % ("#", "mr", "I00")
for i in range(len(mr)):
    print "%d\t%g\t%d" % (i, mr[i], i00[i])
f.close()

如果我运行我最终看到这个错误的程序：

Traceback (most recent call last):
 File "TestHD5.py", line 8, in <module>
    mr = f['/entry/mr_scan/mr']
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "C:\programs\Python27\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py", line 166, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "h5py\h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (C:\aroot\work\h5py\h5o.c:3417)
KeyError: 'Unable to open object (Component not found)'

我只是缺少一些模块来读取文件，还是其他原因。如果我使用 h5 文件查看程序，它将打开 .h5 文件。谢谢

Answer 1

你的字符串：

path = "C:\Users2001\m2020\data170104_145626\doPoint_20170104_150016\dataset_XMIT    data_20170104_150020.h5"

充满了broken/illegal escapes（谢天谢地它们会变成语法错误，尽管你使用的是Python 2），还有一些实际上做有效，所以 Python 认为 path 实际上等于： 'C:\Users\xca001\m2020\data\x8170104_145626\doPoint_20170104_150016\dataset_XMIT data_20170104_150020.h5'（注意那些 \x##）。

您的选择：

通过在字符串文字前加上 r

raw string

不要对路径使用反斜杠。 Python 会将 Windows 路径的正斜杠转换为反斜杠。
双反斜杠。

Answer 2

@NickT 发布的答案解决了我原来遇到的问题。新版本中显示的问题是由于 hd5 文件中的 hd5 文件夹名称与代码提供的文件夹名称不匹配。

Python 无法打开 .h5 文件

Python unable to open a .h5 file

python

hdf5

python-2.7

h5py