在 randomForest R 中使用 VarImpPlot 时遇到问题

Question

我使用以下代码构建了一个 RandomForest 模型：

library(randomForest)

set.seed(101)
RFs1 = ERC[sample(nrow(ERC),100000),]
RFs2  <-  RFs1[,-c(1,2,3,228,229,230,232,233,234,235,240)] 
RFs2 <- RFs2[complete.cases(RFs2),] # handling missing values

RFfit <- randomForest(as.factor(RFs2$earlyR)~., data=RFs2[,-231])

VI_F <- importance(RFfit)
varImpPlot(VI_F, type = 2)

现在，当我尝试绘制 Feature Importance 时，出现以下错误：

Error in varImpPlot(VI_F, type = 2) : This function only works for objects of class `randomForest'

我在这里 (Stack Overflow) 和网上寻找问题的解决方案，但是我找不到。

任何帮助将不胜感激！

Answer 1

我将尝试解释代码中的两个问题。我将使用 mtcars 执行此操作，因为您没有提供样本数据。首先，您需要在调用 randomForest 时传递 importance = TRUE。

mtrf <- randomForest(mpg ~ . , data = mtcars, importance = TRUE)

您可以将 importance 作为 table 与

importance(mtrf)

> importance(mtrf)
       %IncMSE IncNodePurity
cyl  11.584480    194.396219
disp 12.560117    230.427777
hp   12.908195    201.095073
drat  5.238172     69.766801
wt   12.449930    233.921376
qsec  3.705991     27.621441
vs    4.221830     27.044382
am    1.982329      9.416001
gear  3.472656     18.282543
carb  6.116177     28.398651

但是，要绘制该图，您需要使用 importance = TRUE 参数对您创建的实际 randomForest 对象调用 varImpPlot。

varImpPlot(mtrf)

我会推荐 Introduction to Statistical Learning with Applications in R 作为在 R 中使用 randomForest 包的一个很好的介绍。

在 randomForest R 中使用 VarImpPlot 时遇到问题

Trouble using VarImpPlot in randomForest R

r

random-forest