如何将特定函数应用于 R 中的列范围（但仅将其应用于每一列）？

Question

我使用的数据看起来如何（它是 SNP 数据）：

AA CC CA GG  
GA CA CC GG  
GG CCCC CAA GG  
CA GG CC GC

我希望它在案例 2 之后变成怎样（由于第 2 列有多个字符，所以第 3 行被删除，所有列都拆分为 2）

A A C C C A G G  
G A C A C C G G  
C A G G C C G C

案例 1
我现在用的是什么

mydata <- mydata[which(!nchar(as.character(mydata[,5]))>2),]
mydata <- mydata[which(!nchar(as.character(mydata[,6]))>2),]
mydata <- mydata[which(!nchar(as.character(mydata[,7]))>2),]

我希望它是

mydata <- mydata[which(!nchar(as.character(mydata[,5:7]))>2),]

问题是该函数正在计算所有列 5:7 并删除每一行。我想要相同的东西，但是对每一列都这样做，而不是对它们一起做。
案例2 我的代码这使用库

library(dplyr)
library(splitstackshape)

运行每列拆分单元格这是第 6 列

data2$V6 = as.character(data2$V6)
data2 <- cSplit(data.frame(data2 %>% rowwise() %>%
mutate(V6 = V6, V6n = paste(unlist(strsplit(V6, "")),
collapse = ','))), "V6n", ",")
data2$V5 <- NULL

我对所有列都做同样的事情问题我想对所有列都这样做潜在的解决方案：不同类型的循环，但我无法使其工作。任何帮助将不胜感激

Answer 1

这是一个完全矢量化的解决方案，以达到您想要的输出

## Convert all the rows into a single vectors
tmp <- do.call(paste0, mydata)

## Remove too long rows, split and rbind
do.call(rbind, strsplit(tmp[nchar(tmp) == 2 * ncol(mydata)], "", fixed = TRUE))
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
# [1,] "A"  "A"  "C"  "C"  "C"  "A"  "G"  "G" 
# [2,] "G"  "A"  "C"  "A"  "C"  "C"  "G"  "G" 
# [3,] "C"  "A"  "G"  "G"  "C"  "C"  "G"  "C"

这将导致 matrix，但如果需要可以轻松转换为 data.frame

如何将特定函数应用于 R 中的列范围（但仅将其应用于每一列）？

How to apply specific function to range of columns(but applying it to every column alone) in R?

r

dplyr

splitstackshape