创建 R 包时出错：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中出错

Question

我正在创建一个名为 CVOC 的 R 包。它包含 C++ 代码并使用来自 C 库 gmp 的高精度算法。

包将通过以下步骤创建：

1) 使用Rcpp::Rcpp.package.skeleton 创建包骨架。

2) 将所需文件（例如 DESCRIPTION、NAMESPACE、Makevars 等）复制到正确的文件夹中

3) 使用 roxygen2::roxygenise() 创建 .Rd 文档文件

4) 使用 R CMD 检查检查 R 包

5) 使用 R CMD 构建构建 R 包

当我运行 R CMD 检查 "CVOC" 时出现以下错误消息：

* installing *source* package ‘CVOC’ ...
** libs
g++ -std=c++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/RcppMP/include" -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/BH/include"   -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -std=c++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include" -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/RcppMP/include" -I"/home/fabian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/BH/include"   -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c etcND.cpp -o etcND.o
g++ -std=c++11 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o CVOC.so RcppExports.o etcND.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/fabian/Desktop/CVOCcreate/CVOC.Rcheck/CVOC/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/fabian/Desktop/CVOCcreat/CVOC.Rcheck  /CVOC/libs/CVOC.so':
  /home/fabian/Desktop/CVOCcreate/CVOC.Rcheck/CVOC/libs/CVOC.so:            
undefined symbol: __gmp_bits_per_limb
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/fabian/Desktop/CVOCcreate/CVOC.Rcheck/CVOC’

包括 bash 脚本 createCVOC.sh 在内的所有必要文件都可以在 github 存储库中找到 https://github.com/SchroederFabian/CVOC。

非常感谢任何帮助。

Answer 1

有些地方不对，让我们检查一下。请向您的 src/Makevars 提供 link，这实际上表明您有

CXXFLAGS= -lgmpxx -lgmp

但是在您在问题中显示的日志中没有这样的 linking 发生：

g++ -std=c++11 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions \
   -Wl,-z,relro -o CVOC.so RcppExports.o etcND.o -L/usr/lib/R/lib -lR

本质上你混淆了

允许您"add"现有规则的PKG_*变体与普通的（即编译你想要PKG_CXXFLAGS）和
您在需要 PKG_LIBS 时使用了 PKG_CXXFLAGS。

尝试添加

PKG_LIBS= -lgmpxx -lgmp

然后重试。检查发生了什么 linking 步骤。您应该添加了所需的库，并且不再受 'unknown symbol'.

的困扰

创建 R 包时出错：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中出错

Error creating R package: Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)

r

gmp

rcpp

roxygen2