"pls" 包中的 R 中的 PLSR

Question

我正在尝试拟合 PLSR 模型，但我做错了。下面，您可以看到我是如何创建数据框及其结构的。

reflektance <- read_excel("data/reflektance.xlsx", na = "NA")
reflektance <- dput(reflektance)
pH <- read_excel("data/rijen2016.xls", na = "NA")
pH <- na.omit(pH)
pH <- dput(pH)

reflektance<-aggregate(reflektance[, 2:753], list(reflektance$Vzorek), mean)
colnames(reflektance)[colnames(reflektance)=='Group.1']<-'Vzorek'
datapH <- merge(pH, reflektance, by="Vzorek")
datasetpH <- data.frame(pH=datapH[,2], ref=I(as.matrix(datapH[, 3:754], 22, 752)))

问题在于使用 "plsr"，因为结果是这个错误：

ph1<-plsr(pH ~ ref, ncomp = 5, data=datasetpH)
Error in pls::mvr(ref ~ pH, ncomp = 5, data = datasetpH, method = "kernelpls") : 
Invalid number of components, ncomp

dput(反射率): https://jpst.it/RyyS

在这里你可以看到 table datapH 的结构：

'data.frame':   22 obs. of  754 variables:
 $ Vzorek: chr  "5 - P01" "5 - P02" "5 - P03" "5 - R1 - A1" ...
 $ pH/H2O: num  6.96 6.62 7.02 5.62 5.97 6.12 5.64 5.81 5.61 5.47 ...
 $ 325   : num  0.017 0.0266 0.0191 0.0241 0.016 ...
 $ 326   : num  0.021 0.0263 0.0154 0.0264 0.0179 ...
 $ 327   : num  0.0223 0.0238 0.0147 0.028 0.0198 ...
 ...

此处 table 数据集的结构pH:

'data.frame':   22 obs. of  2 variables:
 $ pH : num  6.96 6.62 7.02 5.62 5.97 6.12 5.64 5.81 5.61 5.47 ...
 $ ref: AsIs [1:22, 1:752] 0.016983.... 0.026556.... 0.019059.... 0.024097.... 0.016000.... ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : chr  "325" "326" "327" "328" ...

您有什么建议和解决办法吗？谢谢

Answer 1

问题似乎出在您的其中一个仅包含 NA 的列中。
names(df) 输出的最后一行给出：

[745] "1068"   "1069"   "1070"   "1071"   "1072"   "1073"   "1074"   "1075"   NA

使用您的数据 + 一些随机生成的 pH 值（不在 reflektance 数据框中，此处命名为 df）：

test=data.frame(pH=rnorm(23,5,2), ref=I(as.matrix(df[, 2:752], 22, 751)))
pls::plsr(pH ~ ref, data=test)

Error in matrix(0, ncol = ncomp, nrow = npred) : invalid 'ncol' value (< 0)

请注意，索引与您的有点不同。我没有 df 中的第二列（你的那个包含 pH 值的列）。
如果我删除包含 NA 的最后一列：

test=data.frame(pH=rnorm(23,5,2), ref=I(as.matrix(df[, 2:752], 22, 751)))
pls::plsr(pH ~ ref, data=test)
Partial least squares regression , fitted with the kernel algorithm.
Call:
plsr(formula = pH ~ ref, data = test)

如果问题解决了请告诉我。

"pls" 包中的 R 中的 PLSR

PLSR in R with "pls" package

regression

r

dataframe