在 Snakemake 中全局加载 R 库

Question

我目前正在使用 Snakemake 构建我的 NGS 管道，并且遇到了有关加载 R 库的问题。我的规则调用的几个脚本需要加载 R 库。由于我找不到全局加载它们的方法，因此它们被加载到 R 脚本内部，当我 运行 对几个单独的输入文件使用相同的规则集时，这当然是多余的计算时间。

有没有办法保留一个 R 会话来执行多个规则并预先加载所有需要的库？

干杯， 祖普

Answer 1

恐怕不会。这在 (a) 本地系统（绕过 Python GIL）和 (b) 集群系统（调度到单独的节点）上有性能原因。 即使在本地机器上有解决方案，也需要注意不要在并行作业之间共享任何会话。如果你真的需要那个时候安全，我建议合并这些脚本。