在 bash 脚本中嵌入 python

Question

我是 python 的新手，我正在尝试将其嵌入到 bash 脚本中。我有以下 bash shell 脚本：

#!/bin/bash

while read line
do
    ORD=`echo $line | cut -c 1-7`
    if [[ -r ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa ]]
    then
        touch ../Results/Log_Files/Log_${ORD}.txt
        for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
            printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"
            for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
                printf 'Value of per is %d\n' "$per"
                WCNO=`grep -o "n\|N" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCNF=`grep -o "n\|N" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                WCAO=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../FASTA_SEC/COMBI_RAW/${ORD}_COMBI_RAW.fa | wc -l`
                WCAF=`grep -o "a\|A\|g\|G\|t\|T\|c\|C" ../Results/COMBI/${ORD}_COMBI/${ORD}_w${win}_p${per}_COMBI.fa | wc -l`
                PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`
                echo $ORD $PERN
            done
        done
    else
        echo ${ORD}"_COMBI_RAW.fa does not exist"
    fi
done < ./Data_ORD.txt

我想执行存储在调用 python

的变量中的百分比计算

PERN=`echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python`

括号有问题，所以当我运行 bash 脚本时得到以下输出：

command substitution: line 17: syntax error near unexpected token `('
command substitution: line 17: `echo print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO. | python'

bash有问题吗？据我所知，操作顺序在 python 中用括号定义。

谢谢，

Answer 1

bash 在您不希望的时候解释 (。您需要将发送至 python 的表达式括在引号中。

PERN=`echo "print ($WCNO-$WCNF)/$WCNO." | python`

如果你很好奇bash认为你在做什么...

构造 (...) 在子 shell 中向运行指示某些内容。首先，bash 将插入变量 $WCNO 和 $WCNF。然后它会尝试运行 parens 中的东西作为子 shell 中的命令。除非该字符串恰好作为命令存在，否则 bash 会抱怨，因为它试图找到的命令不存在。

另请参见 Unix.SE 上的 this answer。

在 bash 脚本中嵌入 python

embed python in bash script

python

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bash