edgeR 从 fastq 文件中进行差异表达分析

differential expression analysis by edgeR from fastq file

有一些植物种类，我们每个种类都有一些DNA序列数据（.fastq文件），我们打算用R来做这些植物之间的差异表达分析。但是我是一个这个领域的新人，关于如何做到这一点有什么建议吗？

您应该阅读 edgeR 的文档：

  1. 将您的读数与 STAR 或 TopHat2 之类的东西对齐
  2. 使用HTSeq-Count和参考注释生成计数矩阵
  3. 将计数交给edgeR，它会做差分测试

编辑：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf

示例见第 4.2 节。