如何更改 sqlite 在 Ubuntu Linux R 上创建 etilqs 文件的临时文件夹？

Question

我运行在 Ubuntu 上 select 上的 select 某些 ID 中 table 具有千兆字节数据的运行R 中的 sqldf 并且该过程正在创建临时 etilqs /var/tmp下的文件根据inotifywait监控文件变化。但是，我的 /var/tmp 在一个小磁盘上，这偶尔会导致 R 出错。我在 Windows 上找到了关于如何更改 sqlite 的临时文件夹位置的 thread，但我不知道如何让它在 Linux 下工作。

library(sqldf)
customer_extr <- sqldf("select b.*, a.year, a.name from product as b left join customer as a on a.ID = b.ID", dbname = "/home/userName/customer.db")

在我看来，sqlite 会按以下顺序在目录中搜索临时文件存储位置（不是我可以通过 selecting tmpdir= 选择在何处创建文件的 tempfile()）：

由 PRAGMA temp_store_directory 或 sqlite3_temp_directory 全局变量
SQLITE_TMPDIR环境变量
TMPDIR 环境变量
/var/tmp
/usr/tmp
/tmp
当前工作目录 (".")

我尝试了几个选项，但 none 个选项似乎有效：

设置temp_store_directory:

con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname = "/home/userName/customer.db")
dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store_directory = '/mnt/tmp'")

但是这个错误：

Error in rsqlite_send_query(conn@ptr, statement) : basic_string::resize

目前检查temp_store_directory未设置

Sys.getenv('temp_store_directory')

在运行ning R 之前，我将环境变量设置为所需的临时文件夹：/mnt/tmp:
```
export SQLITE_TMPDIR=/mnt/tmp
export TMPDIR=/mnt/tmp
```
我确认
已成功设置
```
echo $SQLITE_TMPDIR 
echo $TMPDIR 
```
在 Linux、
之下
```
Sys.getenv('SQLITE_TMPDIR') 
Sys.getenv('TMPDIR') 
```
在 R.

但是，我的 sqldf 步骤仍然将 etilqs 文件写入 /var/tmp。
我试过了运行
```
dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store = 2") 
```
指示sqlite在内存中保存临时文件。但是，它仍在将 etilqs 文件写入 /var/tmp.
我想为 /var/tmp 创建一个符号 link 以指向 /mnt/tmp 但要做到这一点我想我必须删除文件夹 /mnt/tmp 首先。这并不理想，因为它是一个共享的 Linux 服务器并且 /mnt/tmp 的磁盘有时会被卸载。我不确定这是否会给其他应用程序和用户带来任何麻烦。

我不知道如何 check/change R 中的 sqlite3_temp_directory 全局变量。

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1  gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] DBI_0.5-1     memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8   digest_0.6.10 chron_2.3-47

我可以尝试将我的 OS 磁盘升级到更大的驱动器，但是没有办法告诉 Linux 下的 R 中的 sqlite 将临时文件写入其他地方吗？任何建议将不胜感激！

Answer 1

您可以让 R 使用不同的临时目录，它遵循几个环境变量设置：

edd@max:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'              # default
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL"
edd@max:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())'   # overridden
[1] "./RtmpsJk2lP"
edd@max:~$

我们将不得不查看 RSQLite and/or sqldf 包的源代码，看看它们是否使用自己的设置，或者从 R 中获取。如果是后者，我怀疑至少sqldf 那你就有办法了

但请记住在启动 R 之前设置 TMPDIR（或类似的）。

如何更改 sqlite 在 Ubuntu Linux R 上创建 etilqs 文件的临时文件夹？

How can I change the temp folder where sqlite creates etilqs files on Ubuntu Linux R?

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