使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时出错

Question

我在使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时遇到困难。当我运行包含完全从文档中提取的代码的脚本时 (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ComplexHeatmap/inst/doc/s3.a_list_of_heatmaps.html)...

library(ComplexHeatmap)

mat1 = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat1 = rbind(mat1, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat1) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat1) = paste0("C", 1:10)

mat2 = matrix(rnorm(60, 2), 6, 10)
mat2 = rbind(mat2, matrix(rnorm(60, -2), 6, 10))
rownames(mat2) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat2) = paste0("C", 1:10)

ht1 = Heatmap(mat1, name = "ht1")
ht2 = Heatmap(mat2, name = "ht2")
class(ht1)

class(ht2)

ht1 + ht2

...我收到错误消息：

Error in ht1 + ht2 : non-numeric argument to binary operator
Execution halted

我是运行ning R 版本 3.3.2 (2016-10-31) -- "Sincere Pumpkin Patch" on Mac OS X 10.12.2 with ComplexHeatmap version 1.12.0。感谢您的帮助！

Answer 1

我明白了。问题是需要附加 "methods" 包。如果你直接在 R 中运行上面的代码（我没有这样做），它会工作 as-is （因为 R 显然默认加载方法包），但是如果你在文件中有脚本并且运行通过 Rscript（这是我正在做的），您会收到指示的错误。但是，如果您添加

 library(methods)

到脚本的顶部，它通过 Rscript 工作。

使用 ComplexHeatmap 包创建多个热图时出错

Error creating multiple heatmaps with ComplexHeatmap package

r

heatmap