gurobi 已安装，但 Matlab 无法识别它

Question

Matlab16, Linux 16.04, Gurobi 6.5.2

我想在Matlab上使用Cobra toolobox，所以我也按照要求安装了它和Gurobi。 但是当我尝试这段代码时（如研究文章中所解释的：什么是 FBA？Orth，Palsson）我得到了一个错误

密码

model = readCbModel('ecoli_core_model.xml') optimizeCbModel(model)

错误

`使用 solveCobraLP 时出错（第 107 行） 未找到解算器。调用 changeCobraSolver(solverName)

optimizeCbModel 错误（第 213 行） 解决方案 = solveCobraLP(LPproblem); `

在changeCobraSolver.m中说Gurobi是一个正确的求解器。显然，Matlab和Gurobi没有连接。

我在路径中添加了 .../gurobi652/linux64/matlab 并尝试了（如此处解释 http://www.gurobi.com/documentation/6.5/refman/matlab_setting_up_the_guro.html）一个函数。我工作了。

我尝试安装 Gurobi Mex（此处 http://www.convexoptimization.com/wikimization/index.php/Gurobi_Mex:_A_MATLAB_interface_for_Gurobi）但我没有找到 Gurobi_mex.c

昨天optimizeCbModel工作了，但我不知道我做了什么，改变了什么。

Answer 1

我注意到，如果我尝试 testAll 然后 optimizeCbModel 成功（至少没有错误）。我想我们需要先做initCobraToolbox。

Answer 2

1. 首先确保您位于 MATLAB 目录的 CobraToolbox 文件夹中。调用 initCobraToolbox

2. changeCobraSolver ('gurobi', 'all')

3. 现在应该可以使用读取和优化功能了。

您可能会发现使用 .mat 文件作为输入模型更容易。这些可以在 cobratoolbox --> test --> models --> mat

下找到

希望对您有所帮助