具有不相等向量容差和 ID 的交集

Question

我对两个向量之间的匹配值有疑问。假设我有一个矢量和数据框：

  data.frame
  value  name                       vector 2
154.0031  A                         154.0084
154.0768  B                         159.0344
154.2145  C                         154.0755
154.4954  D                         156.7758
156.7731  E
156.8399  F
159.0299  G
159.6555  H
159.9384  I

现在我想将向量 2 与数据框中的值进行比较，定义的全局公差（例如 +-0.005）是可调的，并将相应的名称添加到向量 2，所以我得到如下结果：

  data.frame
  value  name                       vector 2 name
154.0031  A                         154.0074  A
154.0768  B                         159.0334  G
154.2145  C                         154.0755  B
154.4954  D                         156.7758  E
156.7731  E
156.8399  F
159.0299  G
159.6555  H
159.9384  I

我试过intersect()但是里面没有tolerance的选项？

非常感谢！

Answer 1

这个结果可以通过 outer、which 和子集来实现。

# calculate distances between elements of each object
# rows are df and columns are vec 2
myDists <- outer(df$value, vec2, FUN=function(x, y) abs(x - y))


# get the values that have less than some given value
# using arr.ind =TRUE returns a matrix with the row and column positions
matches <- which(myDists < 0.05, arr.ind=TRUE)

data.frame(name = df$name[matches[, 1]], value=vec2[matches[, 2]])
name    value
1    A 154.0084
2    G 159.0344
3    B 154.0755
4    E 156.7758

请注意，这只会 return vec2 的元素匹配，并且 return df 的所有元素都满足阈值。

要使结果对此稳健，请使用

# get closest matches for each element of vec2
closest <- tapply(matches[,1], list(matches[,2]), min)

# fill in the names.
# NA will appear where there are no obs that meet the threshold.
data.frame(name = df$name[closest][match(as.integer(names(closest)),
                                         seq_along(vec2))], value=vec2)

目前，这个 returns 与上面的结果相同，但是 return 在 df 中没有足够观察的情况下会 return NAs。

数据

如果您以后提出问题，请提供可重现的数据。见下文。

df <- read.table(header=TRUE, text="value  name
154.0031  A
154.0768  B
154.2145  C
154.4954  D
156.7731  E
156.8399  F
159.0299  G
159.6555  H
159.9384  I")

vec2 <- c(154.0084, 159.0344, 154.0755, 156.7758)

具有不相等向量容差和 ID 的交集

intersection with tolerance of non-equal vectors and ID

intersection

r

vector

subset

assign