将 .xyz 文件读入数组

Question

我目前创建了一个代码，可以从输入目录打开文件，然后开始将该数据排序到两个不同的数组中，一个整数和一个字符。输入文件如下所示：

1817
Plot50.0.xyz
  C        0.70900        0.00000        0.00000
  C        0.00000        1.22802        0.00000
  C        2.12700        0.00000        0.00000
  C        2.83600        1.22802        0.00000
  C        4.96300        0.00000        0.00000
  C        4.25400        1.22802        0.00000
  C        6.38100        0.00000        0.00000
  C        7.09000        1.22802        0.00000
  C        9.21700        0.00000        0.00000
  C        8.50800

datafile

现在我不确定我是否在打开文件（格式等）时没有正确分配所有内容，但这是代码[工作]：

program test01

character(len=40)    :: filename           !Storing the file name
character(len=20)    :: nam                !Collecting the file name within the file
integer(8)           :: N                  !Number of coordinates within the file
real(8), allocatable :: coa(:,:)           !Array containing xyz coordinates
character(len=6), allocatable :: atom(:,:) !Array containing the atomic make up
integer(8)           :: i,j,k              !Do loop parameters

    filename = '' 
    write (6,*) 'Enter file name' 
    read (5,*) filename 
    open (10, file=filename, status='OLD') 
    write (6,*) 'Sucessfully opened file:', filename 
    read(10,*) N

    allocate (coa(N,4))
    allocate (atom(N,1))
    read (10,*) nam
        print*, nam

        i = 0
        do while (i < N)
            read(10,*) atom(i,1), coa(i,2:4)
            i = i+1  
        end do

    print*, atom(0,1), atom(1,1), atom(4,1), atom(1818,1) !checking
    print*, coa(0,2), coa(1500,3)                         !checking   
    close (10) 

end program test01

所以我的主要问题在于，是否有更好的方法来创建数组（需要两个，因为我认为字符和真实不能混合，coa 数组稍后用于计算on) 并专门从文件中提取某些数据（更重要的是跳过文件的第 2 行，而不是将其插入到字符中以将其删除，因为它在我尝试创建数组时导致了所有问题）。

Answer 1

你写有没有更好的方法来创建数组。让我们从正确的方法开始，这不是...

i = 0
do while (i < N)
    read(10,*) atom(i,1), coa(i,2:4)
    i = i+1  
end do

这看起来像是用 Fortran 编写的 C 循环 (for (i=0; i<N; i++) )，它错误地在第 0 行开始对数组进行索引。由于代码没有努力从 0 开始数组索引，并且 Fortran 默认从 1 开始索引，因此 read 的第一次执行会将数据读入范围之外的内存位置数组。

一个正确且更 Fortranic 的方法是

do i = 1, N
    read(10,*) atom(i,1), coa(i,2:4)
end do

我看到您在别处打印了数组第 0 行的值。你 'lucky' 那些 outside-the-bounds 访问不会转到程序地址 space 之外的地址并导致分段错误。

程序坏了，只是坏了一点，还没有给你带来任何痛苦。

将 .xyz 文件读入数组

Reading .xyz file into array(s)

arrays

fortran

fortran90