如何在子 shell 中激活 conda env？

Question

我写了一个 python 程序。如果我有这样的 shebang：

#!/usr/bin/python

我使文件可执行：

$ chmod 755 program.py

我可以运行这样的程序：

$ ./program.py

问题来了。我用的是conda virtual environments。当我运行上面的程序时，系统创建了一个不识别活动环境的子shell：

(my_env) $ ./program.py
ImportError: No module named pymongo

如果我这样做，但是...

(my_env) $ python program.py
# blah blah... runs great

如何在子 shell 中指定正确的使用环境？可能吗？我想省去输入六个字符串 python.

的麻烦

另一个 post、简要地谈到了这一点，但没有提供正确的答案。它没有在子 shell 中激活环境，而是说，继续并忽略 shebang ...只需使用 $ python program.py 语法。

Answer 1

在您的脚本中，更改...

#!/usr/bin/python

...至：

#!/usr/bin/env python

激活的 conda 环境使用的 python 是 ${CONDA_PREFIX}/bin/python 而不是 /usr/bin/python

注意到区别了吗？

(root) ~/condaexpts$ which python
/home/ubuntu/condaexpts/m3/bin/python

(root) ~/condaexpts$ /usr/bin/env python
Python 3.5.2 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jul  2 2016, 17:53:06) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> 

(root) ~/condaexpts$ source deactivate

~/condaexpts$ which python
/usr/bin/python

~/condaexpts$ /usr/bin/env python
Python 2.7.6 (default, Oct 26 2016, 20:30:19) 
[GCC 4.8.4] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

Answer 2

您也可以使用 shebang 行直接指向环境，这样您就不需要在调用脚本之前依赖于设置父环境的东西。

首先确定您首选的python环境路径：

$ . activate mypython
$ which python
/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python      # for example

然后在脚本中使用它：

#!/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python
import os,sys
print sys.executable
print os.__file__

上面的脚本会给出这样的输出：

/home/username/anaconda/envs/mypython/bin/python
/home/username/anaconda/envs/mypython/lib/python2.7/os.pyc

在 shebang 中使用非通用命令会降低脚本的可移植性，但如果您依赖特定虚拟环境中的特定包，这就是您想要的。

Answer 3

`conda run`

如果您总是计划从定义了 conda 的 shell 会话中运行脚本，那么另一种选择是让 Conda 使用 conda run 加载环境命令。在这种情况下，shebang 将是

#!/usr/bin/env conda run -n my_env python

这里的优点是调用 ./program.py 时不需要激活环境，也不必硬编码解释器的位置。

注意： 此命令在 Conda v4.6.0 中作为 "preview" 添加（参见 Release Notes) to address the issue of running a command inside an env.

Answer 4

接受的答案对我来说运行，但是这个答案：

#!conda run -n your_conda_env_name python

这需要 $PATH 中的 conda，并且在 Windows。

如何在子 shell 中激活 conda env？

How do I activate a conda env in a subshell?

python

bash

shebang

subshell

conda

`conda run`