Loading rpy2 : ImportError: version `GOMP_4.0' not found

Question

在 Jupyter Notebook 或控制台中加载 rpy2 时出现以下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 184, in         _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 85, in     _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/tests.py", line 23, in <module>
    import rpy2.tests_rpy_classic
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-    packages/rpy2/tests_rpy_classic.py", line 3, in <module>
    import rpy2.rpy_classic as rpy
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rpy_classic.py", line 5, in <module>
    import rpy2.rinterface as ri
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /home/louis/anaconda3/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)

• R 版本：3.2.3
• Python 版本：3.5.2 :: Anaconda 自定义（64 位）
• OS : ubuntu 16.04 LTS 64 位
• rpy2 版本：2.8.5

我不知道它有多相关，但我安装了 gcc，我可以在 python 中导入 rpy2。

如有任何帮助或提示，我们将不胜感激。

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根据 omri_saadon 的评论，我将 LD_LIBRARY_PATH 设置为所有指向 libgomp 目录的路径，它们是：

• $HOME/anaconda3/pkgs/gcc-4.8.5-7/库
• $HOME/anaconda3/pkgs/libgcc-4.8.5-2/库
• $HOME/anaconda3/pkgs/lib

但每次都出现同样的错误:

ImportError: path_to_libgomp/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)

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所以我的探索还在继续^^（我必须承认我真的不知道我在做什么的来龙去脉）。
当我成功设置 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu （在根模式下找到）时，我有另一种错误：

    import rpy2.rinterface as ri                                                                             
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-  packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module> 
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,                                                        
ImportError: /home/louis/anaconda3/bin/../lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC 

然后当我尝试首先导入 readline 包时（因为它似乎对某些包有效）我得到：

import rpy2.rinterface as rinterface
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas

Answer 1

你试过了吗

RUN conda install -y gcc

这似乎适用于有类似问题的人 -- Missing GOMP_parallel or GOMP_4.0 in (Docker) jupyter/all-spark-notebook: both R and Python

Answer 2

看来我终于安装使用rpy2成功了

我做了什么？

我用 conda 包管理器安装它，而不是 pip。仅 conda install rpy2，我就完成了。